Missing coverage evidence...
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CAATGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACATAT  >  minE/2801207‑2801267  |                                                            cAATGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:981590/61‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTTACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:308579/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCTAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:729264/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:861254/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:723940/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:763818/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:768517/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:781120/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:82689/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:832280/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:832498/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:858164/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:638657/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:870544/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:882706/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:889655/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:913203/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:949928/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:961740/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:986539/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:330581/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:135649/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:161732/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:174742/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:262045/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:294907/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:303295/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:310576/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:319855/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:321774/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:677706/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:331046/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:34422/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:376694/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:406480/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:436733/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:437243/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:496911/60‑1 (MQ=255)  aaTGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACatat  <  1:1004516/60‑1 (MQ=255)  |                                                            CAATGTCGATTAACGGTGGTATCAAGTCGCTGGAAGAGGCCAAAGCACACCTGCAACATAT  >  minE/2801207‑2801267

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑