| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 942,255 | C→T | R296K (AGG→AAG) | ddpF ← | D‑Ala‑D‑Ala transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 942,255 | 0 | C | T | 93.0% | 124.1 / 1.6 | 43 | R296K (AGG→AAG) | ddpF | D‑Ala‑D‑Ala transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (21/19); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
GAATGCCTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCCTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCGTAGAAAAAAC > minE/942189‑942321 | gAATGCCTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTAt > 1:2337385/1‑71 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTAtt > 1:545833/1‑71 (MQ=255) ccTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTGACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTa < 1:208832/71‑1 (MQ=255) cTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTaa > 1:506914/1‑71 (MQ=255) gATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAAt > 1:957568/1‑70 (MQ=255) gATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCCTTa < 1:272043/62‑1 (MQ=255) cGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTAt > 1:2393252/1‑59 (MQ=255) cGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCCTTATTGCTAATGATTg > 1:1086682/1‑71 (MQ=255) gttgttAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGc > 1:101278/1‑71 (MQ=255) gttAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGa > 1:2238130/1‑64 (MQ=255) gCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCCTTATTGCTAATGATTGCCGGACtt < 1:2373032/71‑1 (MQ=255) tctcTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTca > 1:1600572/1‑70 (MQ=255) tctACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTa > 1:536573/1‑45 (MQ=255) tctACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTca < 1:1632881/68‑1 (MQ=255) tctACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACAt > 1:380184/1‑71 (MQ=255) aGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCt < 1:1740214/45‑1 (MQ=255) cccgccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATcc > 1:1941646/1‑64 (MQ=255) gccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACtt < 1:2168391/54‑1 (MQ=255) gccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACtt < 1:1416977/54‑1 (MQ=255) gccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGc > 1:650864/1‑70 (MQ=255) ccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGa < 1:1171938/50‑1 (MQ=255) ccAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGc > 1:1049504/1‑69 (MQ=255) cAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAg < 1:332275/71‑1 (MQ=255) cAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAg < 1:605279/71‑1 (MQ=255) cAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAg < 1:2186043/71‑1 (MQ=255) cACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCgg > 1:2068053/1‑71 (MQ=255) ccGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGc < 1:266581/71‑1 (MQ=255) cGGAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGc < 1:1212654/70‑1 (MQ=255) ggAGCTCACGTCCGTGCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCCGCGGGCa > 1:1093260/1‑70 (MQ=255) ggAGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGAt > 1:1724370/1‑35 (MQ=255) aGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACg < 1:552609/71‑1 (MQ=255) aGCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACg < 1:2008761/71‑1 (MQ=255) gCTCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGt < 1:728528/71‑1 (MQ=255) tCACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGc < 1:938392/60‑1 (MQ=255) cACGTCCGTCCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCg > 1:1712626/1‑71 (MQ=255) cgtccgtcCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCg > 1:515556/1‑69 (MQ=255) cgtccgtcCTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCg > 1:2381104/1‑69 (MQ=255) gtccgtccTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCAAATCCgtgtgt > 1:186149/1‑49 (MQ=255) ccgtccTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGTACTTCACATcc < 1:32664/41‑1 (MQ=38) ccgtccTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATcc < 1:376230/41‑1 (MQ=255) cgtccTCCTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCGTAGaaa < 1:633242/71‑1 (MQ=255) ctccTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCGTAGaaaaaa > 1:528390/1‑70 (MQ=255) ctccTTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCGTAGAAAAAAc < 1:828361/71‑1 (MQ=255) | GAATGCCTGATGCGTTGTTAGCATCTCTACAGCGCCCGCCAGCACCGGAGCTCACGTCCGTCCTCCCTTATTGCTAATGATTGCCGGACTTCACATCCGTGGGTTGCCAGCGGGCAACGTTCGTAGAAAAAAC > minE/942189‑942321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |