| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,464,298 | G→A | Q115Q (CAG→CAA) | atpI → | ATP synthase, membrane‑bound accesory subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,464,298 | 0 | G | A | 97.1% | 106.8 / ‑3.7 | 35 | Q115Q (CAG→CAA) | atpI | ATP synthase, membrane‑bound accesory subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (15/19); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
GTTGGCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAGATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCTTCAGAAAATATG > minE/2464232‑2464360 | gTTGGCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATAc < 1:70054/71‑1 (MQ=255) ttGGCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACt < 1:274349/71‑1 (MQ=255) ggCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATa < 1:523787/67‑1 (MQ=255) gCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGc < 1:645715/71‑1 (MQ=255) ggTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCAc < 1:1626598/71‑1 (MQ=255) ttAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACt > 1:85861/1‑62 (MQ=255) tAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCt > 1:1608121/1‑71 (MQ=255) tAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCt > 1:2305650/1‑71 (MQ=255) aaaGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAGATACTGGCACCGGCTg > 1:2139835/1‑71 (MQ=255) tATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTg < 1:2060087/63‑1 (MQ=255) aTTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTaac > 1:888906/1‑70 (MQ=255) gCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATa > 1:1075824/1‑43 (MQ=255) gCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATa > 1:855390/1‑43 (MQ=255) gCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATa > 1:24558/1‑43 (MQ=255) gCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATa > 1:88557/1‑43 (MQ=255) ccGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTaa < 1:1883953/62‑1 (MQ=255) tGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTa > 1:371992/1‑70 (MQ=255) gATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAAtt < 1:1416545/55‑1 (MQ=255) aTCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTaaaa < 1:2257644/71‑1 (MQ=255) aTCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTaa < 1:2425099/69‑1 (MQ=255) cGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTaaaa > 1:15503/1‑69 (MQ=255) aCGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTaaaa > 1:2040671/1‑65 (MQ=255) cGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGcatca < 1:267727/71‑1 (MQ=255) tGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAAtt < 1:1835638/45‑1 (MQ=255) tGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAAtt < 1:808378/45‑1 (MQ=255) gTTTTGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCt < 1:2404589/71‑1 (MQ=255) ttttGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTa < 1:416752/42‑1 (MQ=255) tttGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTaaaa < 1:1363843/57‑1 (MQ=255) ttGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGcat > 1:273603/1‑61 (MQ=255) ttGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCtt > 1:1221936/1‑69 (MQ=255) tGGTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAgg > 1:46906/1‑57 (MQ=255) ggTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTaacaa > 1:1395837/1‑42 (MQ=255) gTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCTTCAGaa < 1:239395/71‑1 (MQ=255) gTGCTGGTGGTTCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCTTCAGaa < 1:97377/71‑1 (MQ=255) ttCAAATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCTTCAGAAAATATg < 1:1321419/67‑1 (MQ=255) | GTTGGCGGTTTTAAAGGCGGTATTCTTGCCGCTGATCGTTACGTGGGTTTTGGTGCTGGTGGTTCAGATACTGGCACCGGCTGTAATTAACAACAAAGGGTAAAAGGCATCATGGCTTCAGAAAATATG > minE/2464232‑2464360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |