| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,489,124 | G→A | T41T (ACG→ACA) | dnaN → | DNA polymerase III, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,489,124 | 0 | G | A | 98.9% | 284.1 / ‑4.1 | 87 | T41T (ACG→ACA) | dnaN | DNA polymerase III, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (48/38); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCACAC > minE/2489059‑2489190 | ccGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTc > 1:1906521/1‑71 (MQ=255) cGTTAGGTGTTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCg > 1:599694/1‑71 (MQ=255) cGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCg > 1:1577562/1‑71 (MQ=255) ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCt < 1:781676/71‑1 (MQ=255) ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCt < 1:914469/71‑1 (MQ=255) aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGt > 1:285303/1‑65 (MQ=255) aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:103066/70‑1 (MQ=255) aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:603419/1‑71 (MQ=255) gtggtCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc < 1:1443503/70‑1 (MQ=255) ggtCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGc < 1:2226522/64‑1 (MQ=255) tcgtcCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTa < 1:1657046/71‑1 (MQ=255) tACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtc > 1:331272/1‑71 (MQ=255) tACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAt > 1:2127973/1‑70 (MQ=255) aCGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTg > 1:1223928/1‑51 (MQ=255) aCGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtct > 1:145996/1‑71 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:239745/1‑57 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1170499/1‑58 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:1328949/71‑1 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc > 1:1718594/1‑71 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:1135074/71‑1 (MQ=255) cGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtct < 1:370021/70‑1 (MQ=255) gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:956469/1‑56 (MQ=255) gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:1827278/1‑56 (MQ=255) gCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGa > 1:607974/1‑56 (MQ=255) cTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc < 1:123103/69‑1 (MQ=255) aCCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtctc > 1:2362642/1‑67 (MQ=255) ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCgag < 1:2313823/69‑1 (MQ=255) ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCgag < 1:2084527/69‑1 (MQ=255) ccGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGAt < 1:9925/71‑1 (MQ=255) gATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATg > 1:1729199/1‑70 (MQ=255) ttCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTg < 1:2071312/41‑1 (MQ=255) ttCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGaa < 1:2322189/71‑1 (MQ=255) cGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtgg > 1:570849/1‑71 (MQ=255) ggTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtgg < 1:838130/70‑1 (MQ=255) aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGCCGGTACATTGTCGCTGACCg > 1:1748135/1‑43 (MQ=38) aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtgg > 1:1486249/1‑70 (MQ=255) aaTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtgg > 1:2122379/1‑70 (MQ=255) aTCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCa > 1:792785/1‑71 (MQ=255) tCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:1477748/37‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTg < 1:2130531/37‑1 (MQ=255) tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:650776/1‑37 (MQ=255) tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:510002/1‑37 (MQ=255) tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1925744/1‑37 (MQ=255) tgctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGAc > 1:1769029/1‑37 (MQ=255) ctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:542145/1‑71 (MQ=255) ctgTTACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgt < 1:1377200/69‑1 (MQ=255) ttACAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGAtc < 1:2368588/43‑1 (MQ=255) aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:1892549/1‑71 (MQ=255) aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:114211/1‑71 (MQ=255) aCAGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTgcgc > 1:1690740/1‑71 (MQ=255) aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:1396272/1‑64 (MQ=255) aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt < 1:1253593/64‑1 (MQ=255) aGGTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt > 1:665142/1‑64 (MQ=255) ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAAtggtg < 1:1453651/55‑1 (MQ=255) ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:2097482/71‑1 (MQ=255) ggTTGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:216609/71‑1 (MQ=255) ttGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:354389/71‑1 (MQ=255) ttGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:929736/71‑1 (MQ=255) ttGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt < 1:1707097/71‑1 (MQ=255) tGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt > 1:418917/1‑70 (MQ=255) tGCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGtt > 1:636840/1‑70 (MQ=255) gCTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc < 1:2145051/70‑1 (MQ=255) cTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACgtgt < 1:1711397/58‑1 (MQ=255) cTGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAg > 1:251980/1‑71 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:111929/53‑1 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1371237/53‑1 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1472996/53‑1 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:637218/53‑1 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCAc < 1:1815667/53‑1 (MQ=255) tGACGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg < 1:2152221/65‑1 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTgg > 1:522442/1‑63 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGc < 1:556245/69‑1 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:194275/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1600751/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1246741/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1433623/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:1430824/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:268573/1‑71 (MQ=255) aCGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:2152296/1‑71 (MQ=255) cGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:2019887/1‑70 (MQ=255) cGGTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCca > 1:915630/1‑70 (MQ=255) ggTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCcaca > 1:1645249/1‑71 (MQ=255) gTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCacac < 1:2083338/71‑1 (MQ=255) gTACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCacac < 1:1466271/71‑1 (MQ=255) tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc > 1:2393564/1‑62 (MQ=255) tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc < 1:70515/62‑1 (MQ=255) tACATTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTc > 1:430303/1‑62 (MQ=255) | CCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCACAC > minE/2489059‑2489190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |