| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,262,097 | A→T | 7.8% | intergenic (‑49/+339) | torY ← / ← cutC | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit/copper homeostasis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,262,097 | 0 | A | T | 7.8% | 416.3 / 21.2 | 141 | intergenic (‑49/+339) | torY/cutC | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit/copper homeostasis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (70/60); new base T (9/2); total (79/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAATATGATT > minE/1262027‑1262167 | aTGCGGTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAata < 1:4467746/71‑1 (MQ=255) gTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACa < 1:5621436/71‑1 (MQ=255) ttttCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAAc > 1:4036017/1‑70 (MQ=255) tCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAt > 1:5540011/1‑71 (MQ=255) cccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACa < 1:5613848/64‑1 (MQ=255) ccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt > 1:1647816/1‑70 (MQ=255) ccTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt < 1:2043275/70‑1 (MQ=255) tCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:2264591/64‑1 (MQ=255) tCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAc > 1:5995451/1‑71 (MQ=255) tCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAc > 1:638739/1‑71 (MQ=255) cGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAata > 1:708031/1‑56 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGaa > 1:5138193/1‑64 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGaa > 1:3631122/1‑64 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGaa > 1:4121281/1‑64 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAcc < 1:3878141/70‑1 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAcc < 1:3003608/70‑1 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAAcc < 1:685665/70‑1 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCg > 1:687121/1‑71 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCg > 1:2221269/1‑71 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCg > 1:4943362/1‑71 (MQ=255) gCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCg > 1:6088125/1‑71 (MQ=255) cATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGc < 1:5720590/71‑1 (MQ=255) gATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCtt > 1:1007010/1‑69 (MQ=255) gATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTg > 1:2140324/1‑70 (MQ=255) gATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTg > 1:29402/1‑70 (MQ=255) gATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTg > 1:222073/1‑70 (MQ=255) gATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTg > 1:6511775/1‑70 (MQ=255) aTTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCa < 1:2562835/71‑1 (MQ=255) ttCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt < 1:5775269/71‑1 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:4828879/54‑1 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:5306226/54‑1 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:6573978/54‑1 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt > 1:6794660/1‑70 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt > 1:1739950/1‑70 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt > 1:4507462/1‑70 (MQ=255) tCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt > 1:510458/1‑70 (MQ=255) ctctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGaa > 1:2814667/1‑54 (MQ=255) ctctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATaa < 1:3841753/70‑1 (MQ=255) tctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:540599/51‑1 (MQ=255) tctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:6740281/51‑1 (MQ=255) tctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:1953322/51‑1 (MQ=255) tctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:5714936/51‑1 (MQ=255) ctAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAata < 1:2524132/43‑1 (MQ=255) tAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAg > 1:6776675/1‑71 (MQ=255) tAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAg > 1:6254089/1‑71 (MQ=255) attaaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAgg < 1:3546910/70‑1 (MQ=255) ttaaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt < 1:3418100/62‑1 (MQ=255) ttaaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt < 1:5356254/62‑1 (MQ=255) ttaaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCAt < 1:3184695/62‑1 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATaa > 1:6134986/1‑62 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATaa > 1:768856/1‑62 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTa > 1:1656557/1‑65 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTa > 1:2247333/1‑65 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTa > 1:6303844/1‑65 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGcac > 1:1893643/1‑70 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGcac < 1:6043223/70‑1 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGcac > 1:4688158/1‑70 (MQ=255) aaattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGcac < 1:6727575/70‑1 (MQ=255) aattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGATTTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaa < 1:2040511/71‑1 (MQ=255) aattaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaa > 1:1844964/1‑71 (MQ=255) attaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaac < 1:4697298/71‑1 (MQ=255) attaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaa < 1:2958861/70‑1 (MQ=255) attaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaa < 1:5538047/70‑1 (MQ=255) ttaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATAc < 1:6437710/37‑1 (MQ=255) ttaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATAc < 1:2143510/37‑1 (MQ=255) ttaCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATAc < 1:6456061/37‑1 (MQ=255) taCTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAacac > 1:5884328/1‑71 (MQ=255) cTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTg > 1:2839495/1‑71 (MQ=255) tGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACg < 1:4741295/37‑1 (MQ=255) gACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAAtt < 1:3647215/55‑1 (MQ=255) acacCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAAtt < 1:4643095/54‑1 (MQ=255) ccGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt < 1:293879/35‑1 (MQ=255) ccGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt < 1:1316192/35‑1 (MQ=255) ccGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAAtt < 1:6089746/35‑1 (MQ=255) ccGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCacaa < 1:1339779/59‑1 (MQ=255) ccGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCCCTTGCATAATTAGGCacaa < 1:2426023/59‑1 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:839008/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:6277273/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:103309/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:2628210/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:5795453/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:5276700/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:5220999/1‑70 (MQ=255) cGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGaaa > 1:4108428/1‑70 (MQ=255) gAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGc > 1:4468865/1‑39 (MQ=255) aTTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGa > 1:3556609/1‑70 (MQ=255) tataATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAg < 1:5339464/71‑1 (MQ=255) taATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGaa > 1:3347878/1‑71 (MQ=255) atttAATTATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGc < 1:923694/48‑1 (MQ=255) atttAATTATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGc < 1:3407564/48‑1 (MQ=255) aTTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAata > 1:1924340/1‑71 (MQ=255) ttAATTATACAATGATTTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCt > 1:5857785/1‑50 (MQ=37) ttAATTATACAATGATTTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCt > 1:6941961/1‑50 (MQ=37) ttAATTATACAATGATTTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCt > 1:5951085/1‑50 (MQ=37) ttAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAacac > 1:3195459/1‑45 (MQ=255) ttAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAacac > 1:2430407/1‑45 (MQ=255) ttAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAg < 1:3361231/66‑1 (MQ=255) aaaTATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAATATGa > 1:4050856/1‑71 (MQ=255) aaaTATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAATATGa > 1:6178079/1‑71 (MQ=255) atatACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAATATGAtt > 1:1823063/1‑71 (MQ=255) | CAATGCGTTTTTTCCCTCGCATAGATTCCTCTAATTAAATTACTGGACACCGAAATCATTGTATAATTAAATATACAACGAATTAACCGCTTGCATAATTAGGCACAACACTGCCTGAAACAATCGATAAAGAATATGATT > minE/1262027‑1262167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |