| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,814,931 | A→G | 7.2% | G82G (GGT→GGC) | alaS ← | alanyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,814,931 | 0 | A | G | 7.2% | 561.6 / 26.8 | 196 | G82G (GGT→GGC) | alaS | alanyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/85); new base G (11/3); total (108/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CGTGTTTGAAATAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAAT > minE/1814861‑1815001 | tttGAAATAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGa > 1:438431/1‑71 (MQ=255) ttGAAATAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGAc > 1:5323809/1‑71 (MQ=255) tAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTc < 1:3810275/71‑1 (MQ=255) tAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTc < 1:4585281/71‑1 (MQ=255) tCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTc < 1:6531857/68‑1 (MQ=255) gCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGtt > 1:6349866/1‑63 (MQ=255) gCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTCCAgg > 1:3979579/1‑70 (MQ=255) aGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTCCAGGTCGTtg < 1:5833421/71‑1 (MQ=255) 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tgtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGt < 1:5084803/53‑1 (MQ=255) tgtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGt < 1:772218/53‑1 (MQ=255) tgtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGcgcg < 1:1092097/70‑1 (MQ=255) gtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCcgca > 1:3535069/1‑40 (MQ=255) gtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCcgca > 1:5368208/1‑40 (MQ=255) gtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCcgca > 1:641579/1‑40 (MQ=255) gtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCgg > 1:1630240/1‑70 (MQ=255) gtAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCgg > 1:1956590/1‑70 (MQ=255) tAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTggg < 1:870724/55‑1 (MQ=255) tAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTggg < 1:6745771/55‑1 (MQ=255) tAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTggg < 1:2193344/55‑1 (MQ=255) tAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCggg > 1:4744540/1‑70 (MQ=255) 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CGTGTTTGAAATAGTCGCCGAAGCTGAAGTTGCCCAGCATTTCGAAGAAGGTATGGTGACGCGCGGTGTAACCGACGTTTTCCAGGTCGTTGTGTTTACCACCCGCACGCACGCAGCGTTGGGAAGTGGTAGCGCGGGAAT > minE/1814861‑1815001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |