| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,139,809 | A→C | 10.3% | V433V (GTT→GTG) | infB ← | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,139,809 | 0 | A | C | 10.3% | 258.3 / 25.8 | 106 | V433V (GTT→GTG) | infB | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/45); new base C (5/6); total (55/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGA > minE/2139743‑2139875 | aCGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGt < 1:3710901/71‑1 (MQ=255) cGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTg < 1:1163246/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACg < 1:1133788/68‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACg < 1:6159332/68‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACg < 1:1467669/68‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTgg < 1:3331798/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTgg < 1:699967/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTgg < 1:4688673/71‑1 (MQ=255) gCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTg > 1:3626240/1‑70 (MQ=255) aTTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTa < 1:1204310/71‑1 (MQ=255) tGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTAt > 1:6136878/1‑70 (MQ=255) tGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTAt > 1:5201502/1‑70 (MQ=255) tGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATg > 1:1099760/1‑71 (MQ=255) gAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATg > 1:5957997/1‑70 (MQ=255) gAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGATTCa > 1:1889213/1‑60 (MQ=255) gTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCAc > 1:6948115/1‑70 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAAc < 1:2059592/56‑1 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:3081350/1‑70 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAAt > 1:1579734/1‑71 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAAt > 1:2090403/1‑71 (MQ=255) cgTGCCCCGGGGTTTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg < 1:537073/71‑1 (MQ=255) gTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTggg > 1:4854365/1‑71 (MQ=255) ccccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCa < 1:3724527/43‑1 (MQ=255) ccccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCa < 1:1628170/43‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:5705774/68‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:211116/68‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:3543110/68‑1 (MQ=255) ccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATg > 1:4018369/1‑71 (MQ=255) ccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATg > 1:785569/1‑71 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:633725/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:2885949/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:5291729/1‑68 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg > 1:224402/1‑57 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg > 1:4257694/1‑57 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:2093131/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:469576/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:1158748/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:3011127/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:565233/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGccgcccgc > 1:762139/1‑71 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGccgcccgc > 1:5438716/1‑71 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGc > 1:54236/1‑42 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCa > 1:149130/1‑43 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:1726062/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:1847270/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:2356011/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:3239144/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:5391704/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:1712895/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:6266297/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCtt < 1:5751079/71‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCtt < 1:5158040/71‑1 (MQ=255) 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aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:6599479/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:246001/59‑1 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:1749081/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:3628665/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:5343265/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:3979872/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:5810234/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCAACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:4964495/1‑59 (MQ=255) aaGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTa > 1:2840867/1‑35 (MQ=255) ggTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCag < 1:827570/71‑1 (MQ=255) tGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCagag < 1:4831167/71‑1 (MQ=255) 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aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCaga < 1:2887602/68‑1 (MQ=255) ccGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACtt > 1:6198283/1‑70 (MQ=255) ccGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACtt > 1:1501471/1‑70 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTTGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:1999596/57‑1 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:141455/57‑1 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:489101/57‑1 (MQ=255) ttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATgc < 1:817385/41‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:167509/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:2963298/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg > 1:3429163/1‑70 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:1472039/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |