| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,139,824 | A→G | 14.4% | I428I (ATT→ATC) | infB ← | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,139,824 | 0 | A | G | 14.4% | 220.1 / 27.1 | 83 | I428I (ATT→ATC) | infB | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/30); new base G (6/6); total (47/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
TAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAG > minE/2139754‑2139886 | tAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:5231141/71‑1 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:3081350/1‑70 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAAt > 1:1579734/1‑71 (MQ=255) aaCGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAAt > 1:2090403/1‑71 (MQ=255) cgTGCCCCGGGGTTTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg < 1:537073/71‑1 (MQ=255) gTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTggg > 1:4854365/1‑71 (MQ=255) gTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg < 1:559571/70‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:3543110/68‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:5705774/68‑1 (MQ=255) cccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:211116/68‑1 (MQ=255) ccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATg > 1:4018369/1‑71 (MQ=255) ccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATg > 1:785569/1‑71 (MQ=255) ccGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATg > 1:4339812/1‑71 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:5291729/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:148114/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:633725/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:2885949/1‑68 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg > 1:224402/1‑57 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTgg > 1:4257694/1‑57 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:565233/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:3011127/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:2093131/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:469576/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGt < 1:1158748/59‑1 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGccgcccgc > 1:762139/1‑71 (MQ=255) tCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGccgcccgc > 1:5438716/1‑71 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:1847270/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:1726062/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:2356011/1‑47 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:5391704/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:6281625/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:1712895/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:6266297/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:3239144/1‑59 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCtt < 1:5751079/71‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCtt < 1:5158040/71‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCt < 1:5462838/70‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCt < 1:6132464/70‑1 (MQ=255) cAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCACATTCAACGTCGTATGCACCaa > 1:2101757/1‑47 (MQ=255) aaGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCaa > 1:3020672/2‑47 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:3282545/45‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:3432033/45‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:1232566/45‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:4685742/45‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCa < 1:2550598/45‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:1050516/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:5246850/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:5544043/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:6026663/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:246001/59‑1 (MQ=255) aGGAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAAt < 1:6599479/59‑1 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:3979872/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:3628665/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:5810234/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:1749081/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCCACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:5343265/1‑59 (MQ=255) gAAGGTGATCATGCCGCTCGGGGTGTCAACGTGGTATGCACCGATGTGCTGGGTAATgc > 1:4964495/1‑59 (MQ=255) ggTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCag < 1:827570/71‑1 (MQ=255) tGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCagag < 1:2598321/71‑1 (MQ=255) tGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCagag < 1:4831167/71‑1 (MQ=255) tGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCagag < 1:6790402/71‑1 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:6707217/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:3937096/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:1051197/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:4719550/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:1302756/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:5241711/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:3153766/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:382870/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:3570423/1‑49 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCaga < 1:2887602/68‑1 (MQ=255) aTCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCaga < 1:5446400/68‑1 (MQ=255) aTCATGACGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTaa > 1:893109/1‑49 (MQ=255) ccGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACtt > 1:1501471/1‑70 (MQ=255) ccGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACtt > 1:6198283/1‑70 (MQ=255) gTTTTCAGTTT‑AACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGt < 1:2011960/71‑1 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTTGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:1999596/57‑1 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:489101/57‑1 (MQ=255) ttttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCa < 1:141455/57‑1 (MQ=255) ttCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATgc < 1:817385/41‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:167509/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:2963298/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg < 1:1472039/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg > 1:3429163/1‑70 (MQ=255) tCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTg > 1:4626479/1‑70 (MQ=255) tttCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGa < 1:6728477/71‑1 (MQ=255) gTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGt > 1:6883034/1‑68 (MQ=255) tATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCcag < 1:4131452/71‑1 (MQ=255) tATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCcag > 1:2815648/1‑71 (MQ=255) cACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTa > 1:6575382/1‑61 (MQ=255) cACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTa > 1:6403246/1‑61 (MQ=255) cACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTGCGTTGAACGAATGTa > 1:962450/1‑61 (MQ=255) aCCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGtt > 1:4175135/1‑49 (MQ=255) aCCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGtt > 1:3463519/1‑49 (MQ=255) aCCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGtt > 1:2505762/1‑49 (MQ=255) | TAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAG > minE/2139754‑2139886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |