| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,257,303 | T→C | 6.7% | A1280A (GCA→GCG) | rpoB ← | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,257,303 | 0 | T | C | 6.7% | 221.3 / 6.3 | 75 | A1280A (GCA→GCG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/46); new base C (2/3); total (26/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAGCGGC > minE/2257234‑2257372 | cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6155351/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6414948/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg > 1:6503226/1‑71 (MQ=255)cTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAAAGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTAt > 1:2153482/1‑70 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATg < 1:2231398/68‑1 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGc < 1:5052499/69‑1 (MQ=255) ggTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCtt > 1:2704638/1‑71 (MQ=255) gTACGGCCGTTCACGTCGTCCGACTTCACAGTCAGCATTTCCTGCAGCACGTACGATGCGCCGTACGCTTc < 1:4567885/71‑1 (MQ=255) gTACGGCCGTTCACGTCGTCCGACTTCACAGTCAGCATTTCCTGCAGCACGTACGATGCGCCGTACGCTTc < 1:6517602/71‑1 (MQ=255) gACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgc < 1:4713960/71‑1 (MQ=255) aCCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgcg < 1:2091266/71‑1 (MQ=255) aCCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgcg < 1:1893919/71‑1 (MQ=255) aCCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgcg < 1:4609342/71‑1 (MQ=255) aCCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgcg < 1:3567336/71‑1 (MQ=255) aCCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAgcg < 1:6788604/71‑1 (MQ=255) cACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcaca > 1:1684002/1‑71 (MQ=255) cACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcaca > 1:6236544/1‑71 (MQ=255) aCGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCacac > 1:5849965/1‑71 (MQ=255) aCGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCacac > 1:2328898/1‑71 (MQ=255) gTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACtt < 1:1450514/71‑1 (MQ=255) gTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACtt < 1:2662935/71‑1 (MQ=255) tcatcaGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGcc < 1:23217/63‑1 (MQ=255) tcatcaGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACtt < 1:4950100/70‑1 (MQ=255) tcatcaGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTc < 1:4325246/71‑1 (MQ=255) caGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCa > 1:1885234/1‑54 (MQ=255) caGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAtc > 1:56921/1‑71 (MQ=255) caGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAtc > 1:5396724/1‑71 (MQ=255) caGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAt > 1:3375371/1‑70 (MQ=255) aGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAtct < 1:5962869/71‑1 (MQ=255) aGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAtct < 1:1047156/71‑1 (MQ=255) gACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCa > 1:5643535/1‑52 (MQ=255) gACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCa > 1:3766093/1‑67 (MQ=255) gACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCAtctc < 1:2928900/71‑1 (MQ=255) aCTTCACAGTCAGCATTTCCTGCAGCACGTACGATGCGCCGTACGCTTCCAGTGCCCACACCTCCAtctca > 1:3061008/1‑70 (MQ=255) aCTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTcc > 1:2436696/1‑71 (MQ=255) aaCGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTccc > 1:739154/1‑68 (MQ=255) aaCGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTccc > 1:2640109/1‑68 (MQ=255) aaCGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCg > 1:4887160/1‑70 (MQ=255) ggTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAAc < 1:2409553/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAAc < 1:5675560/71‑1 (MQ=255) gTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTAt < 1:6549631/36‑1 (MQ=255) gTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTAt < 1:3379037/36‑1 (MQ=255) gTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTAt < 1:5641914/36‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:6141491/71‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:3095674/71‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:6138719/71‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:5099284/71‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTACGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:4996574/71‑1 (MQ=255) tGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCCCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGc < 1:2774900/71‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:1733276/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:1575967/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:1574160/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:3270436/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:3557245/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:3410065/48‑1 (MQ=255) aGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCcac < 1:3319609/48‑1 (MQ=255) cATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGac < 1:575601/71‑1 (MQ=255) tCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGaccacc > 1:2477290/1‑71 (MQ=255) tCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGaccac < 1:679712/70‑1 (MQ=255) tCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGaccac < 1:1502273/70‑1 (MQ=255) cTGCAGGGTGTATGCTGCGCCTTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGa < 1:2937981/71‑1 (MQ=255) cTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGa < 1:6746413/71‑1 (MQ=255) gCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAAc > 1:4022591/1‑71 (MQ=255) ggTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGaaa > 1:3776250/1‑52 (MQ=255) gtgtATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACtgtg < 1:5761615/70‑1 (MQ=255) tATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCtt < 1:5297558/71‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCtt < 1:4729662/70‑1 (MQ=255) tgctgcGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACt > 1:2240748/1‑62 (MQ=255) atgcGCCGTACGCTTCCAGTGCCCACACCTCCATCTCACCGAAGCGCTGGCCACCGAACTGGGCTTTaccg > 1:3629628/2‑70 (MQ=255) tgcGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGc < 1:1943303/63‑1 (MQ=255) gcgcCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTg < 1:3863064/47‑1 (MQ=255) gcgcCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTg < 1:5962598/47‑1 (MQ=255) gcgcCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTg < 1:5899884/47‑1 (MQ=255) gcgcCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTg < 1:5773669/47‑1 (MQ=255) gcCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGaa > 1:6443311/1‑54 (MQ=255) ccGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAg < 1:6362503/71‑1 (MQ=255) ccGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAg < 1:2631247/71‑1 (MQ=255) cGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAg < 1:3576339/70‑1 (MQ=255) tATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAGCgg > 1:1841819/1‑71 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACtg < 1:5758977/51‑1 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACtg < 1:3136769/51‑1 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCtt < 1:2320486/57‑1 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCtt < 1:802076/57‑1 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCtt < 1:803575/57‑1 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAGCGgc < 1:6934166/70‑1 (MQ=255) | CTTGGTACGACCGTTCACGTCATCAGACTTAACGGTGAGCATTTCCTGCAGGGTGTATGCTGCGCCGTATGCTTCCAGCGCCCACACTTCCATCTCCCCGAAACGCTGACCACCGAACTGTGCCTTACCACCCAGCGGC > minE/2257234‑2257372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |