| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,469,756 | T→C | 5.1% | Y246Y (TAT→TAC) | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,469,756 | 0 | T | C | 5.1% | 553.6 / 14.6 | 176 | Y246Y (TAT→TAC) | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (103/64); new base C (4/5); total (107/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGTTAT > minE/2469687‑2469822 | cGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATc < 1:4613326/71‑1 (MQ=255)cGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATc < 1:6671574/71‑1 (MQ=255) ggTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCg > 1:3124100/1‑71 (MQ=255) gTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGt > 1:2824989/1‑71 (MQ=255) tGACCATGGCCGAGAAGTTCCGTGACGAAGGCCGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTa > 1:4342248/1‑70 (MQ=255) tGACCATGGCCGAGAAGTTCCGTGACGAAGGCCGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTa > 1:1959668/1‑70 (MQ=255) aCCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa < 1:1008986/68‑1 (MQ=255) aCCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:6455426/1‑68 (MQ=255) ccATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACAcc > 1:2580191/1‑71 (MQ=255) cTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:5823122/1‑61 (MQ=255) cTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:1426711/1‑61 (MQ=255) cTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:3199899/1‑61 (MQ=255) cTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:2389990/1‑61 (MQ=255) agaAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCgg > 1:4263406/1‑70 (MQ=255) aaTTCCGTGACGAAGGTCGTGACGCTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACg > 1:371663/1‑71 (MQ=255) aTTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:2605709/1‑54 (MQ=255) aTTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTa > 1:5190342/1‑54 (MQ=255) aTTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACg > 1:298572/1‑70 (MQ=255) gTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTa > 1:2767359/1‑71 (MQ=255) gTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTa > 1:801541/1‑71 (MQ=255) gTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTa > 1:1835190/1‑71 (MQ=255) aCGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATcc > 1:5288747/1‑71 (MQ=255) aGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc > 1:5446943/1‑71 (MQ=255) ggTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACGACATCTATCGTTACACCCTGGc < 1:1224391/50‑1 (MQ=255) ggTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGc < 1:4084119/50‑1 (MQ=255) ggTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGc < 1:927831/50‑1 (MQ=255) ggTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGc < 1:3018481/50‑1 (MQ=255) ggTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGc < 1:1023345/50‑1 (MQ=255) tCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACTGAAGTATCCGCActgc > 1:2234691/1‑71 (MQ=255) tCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGc < 1:3010348/66‑1 (MQ=255) tCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGc < 1:4670361/66‑1 (MQ=255) tCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCActgc > 1:4693519/1‑71 (MQ=255) ccGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTACACCCTCGCCGGTACCGAAGTGTCCGCActgc < 1:3808137/70‑1 (MQ=255) ccGTGACGTTCTGTTGTTCATCGACAACATCTACCGTTACACCCTCGCCGGTACCGAAGTGTCCGCActgc < 1:3726360/70‑1 (MQ=255) gTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg < 1:6759993/54‑1 (MQ=255) gTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg < 1:2676448/54‑1 (MQ=255) gTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg < 1:4499523/54‑1 (MQ=255) gTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCActgctg < 1:6839379/71‑1 (MQ=255) gACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGaa > 1:5263689/1‑54 (MQ=255) gACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGaa > 1:4468657/1‑54 (MQ=255) gACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTggg > 1:4865250/1‑71 (MQ=255) cGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGcc < 1:3746923/71‑1 (MQ=255) gTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGc > 1:5177976/1‑41 (MQ=255) ttCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCActgctg < 1:6715338/65‑1 (MQ=255) ttCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCActgctg < 1:3412020/65‑1 (MQ=255) ttCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCg < 1:2290534/70‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAg < 1:6571605/50‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAg < 1:2925714/50‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAg < 1:2886018/50‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAg < 1:2733361/50‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:1590982/58‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:4808594/58‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:4942866/58‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:537393/58‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:728116/58‑1 (MQ=255) ctgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCAc < 1:3660795/58‑1 (MQ=255) tgctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGAACTGCTGGGCCGTATg > 1:2929017/1‑71 (MQ=255) gctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTTGCCGGTACGGAAGt < 1:4643340/48‑1 (MQ=255) gctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGt < 1:4176198/48‑1 (MQ=255) gctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGt < 1:4369577/48‑1 (MQ=255) gctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGt < 1:5301657/48‑1 (MQ=255) ctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCg > 1:2904261/1‑37 (MQ=255) ctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCg > 1:6376899/1‑37 (MQ=255) ctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCg > 1:3630877/1‑37 (MQ=255) ctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCg > 1:680609/1‑37 (MQ=255) ctgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCg > 1:5560870/1‑37 (MQ=255) tgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTAt > 1:1639609/1‑48 (MQ=255) tgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTAt > 1:694135/1‑48 (MQ=255) tgTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCt > 1:6796834/1‑71 (MQ=255) ttCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCtt > 1:32796/1‑70 (MQ=255) ttCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTc < 1:5042013/71‑1 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg > 1:6591727/1‑38 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg > 1:4030911/1‑38 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACgg > 1:1245488/1‑38 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCa > 1:5524120/1‑70 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:6095093/1‑71 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:6272393/1‑71 (MQ=255) cGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:2644527/1‑71 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCg > 1:2205314/1‑44 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:1168908/1‑59 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:5795335/1‑59 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:1852853/1‑59 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:448891/1‑59 (MQ=255) tGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:2163496/1‑59 (MQ=255) gACACCATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCgg > 1:2664378/1‑70 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCActgct > 1:6252026/1‑50 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGc > 1:1654922/1‑54 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTa > 1:5669263/1‑58 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:2688974/1‑67 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:1180064/1‑67 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:2835811/1‑67 (MQ=255) gACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAg > 1:1550052/1‑67 (MQ=255) gACAACATCTACCGCTACACCCTGGCCGGTACCGAAGTCTCGGCACTGCTGGGCCGTATGCCATCGGCGGt < 1:3818746/71‑1 (MQ=255) gACAACATCTACCGCTACACCCTGGCCGGTACCGAAGTCTCGGCACTGCTGGGCCGTATGCCATCGGCGGt < 1:3951090/71‑1 (MQ=255) acaacaTCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTa < 1:387163/71‑1 (MQ=255) caTCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGt > 1:3432306/1‑70 (MQ=255) caTCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGt > 1:6945150/1‑70 (MQ=255) caTCTATCGTTACACCCTGGACGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGACTTCAGCGGTAGGt > 1:2585877/1‑70 (MQ=255) aTCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGTTa > 1:2011216/1‑71 (MQ=255) tATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGTTAt > 1:6127621/1‑69 (MQ=255) | CGGTCTGACCATGGCTGAGAAATTCCGTGACGAAGGTCGTGACGTTCTGCTGTTCGTTGACAACATCTATCGTTACACCCTGGCCGGTACGGAAGTATCCGCACTGCTGGGCCGTATGCCTTCAGCGGTAGGTTAT > minE/2469687‑2469822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |