| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,638,449 | C→T | 8.4% | R147R (CGC→CGT) | ugpC → | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,638,449 | 0 | C | T | 8.4% | 305.6 / 12.7 | 95 | R147R (CGC→CGT) | ugpC | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/43); new base T (5/3); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACGGTCTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGCC > minE/2638380‑2638509 | ggACGGTCTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCAGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCcgcg > 1:4279490/1‑71 (MQ=255) ggTCTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGAt < 1:5247222/71‑1 (MQ=255) gTCTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGAtt < 1:6610959/71‑1 (MQ=255) cTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATtgt > 1:5205825/1‑71 (MQ=255) cTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTgcg > 1:6655989/1‑71 (MQ=255) aaaCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTgcgc < 1:2895072/69‑1 (MQ=255) aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:1523661/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:1401802/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:855327/1‑71 (MQ=255) cGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATcc < 1:5940339/71‑1 (MQ=255) gccGCCCGCGTGAGCTATCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATGGGGCGTGCGATTGTGCGTGAGCcg < 1:6693025/69‑1 (MQ=19) gccGCCCGCGTGAGCTATCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATGGGGCGTGCGATTGTGCGTGAGCcg < 1:3781526/69‑1 (MQ=19) accGCCCGCGTGAGCTATCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATGGGGCGTGCGATTGTGCGTGAGCcg < 1:2397845/69‑1 (MQ=19) gCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCcggcg < 1:857362/71‑1 (MQ=255) gcgcgAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGgtgt < 1:4886983/71‑1 (MQ=255) gcgAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTc > 1:6539646/1‑71 (MQ=255) cTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt < 1:5414627/71‑1 (MQ=255) cggcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg < 1:1501214/71‑1 (MQ=255) cggcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg < 1:4179624/71‑1 (MQ=255) cggcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgat < 1:565713/70‑1 (MQ=255) ggcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg < 1:2145428/70‑1 (MQ=255) gcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAg > 1:2830330/1‑71 (MQ=255) gcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAg > 1:5953337/1‑71 (MQ=255) gcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAg > 1:6353178/1‑71 (MQ=255) gcggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAg > 1:941546/1‑71 (MQ=255) cggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGgt > 1:4372629/1‑54 (MQ=255) cggTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGc > 1:1224757/1‑71 (MQ=255) tCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGc < 1:1180120/68‑1 (MQ=255) tCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGc < 1:1029002/68‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTg < 1:6305261/57‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTg < 1:3699032/57‑1 (MQ=255) cAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTg < 1:3858174/57‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt > 1:2913202/1‑57 (MQ=255) gcgcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt > 1:4122873/1‑57 (MQ=255) cgcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctc > 1:6394384/1‑71 (MQ=255) gcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg > 1:3927378/1‑60 (MQ=255) gcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:2176516/71‑1 (MQ=255) gcCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:3402661/71‑1 (MQ=255) ccAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCg > 1:2634913/1‑64 (MQ=255) ccAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:988445/70‑1 (MQ=255) ccAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:1433804/70‑1 (MQ=255) aGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGc > 1:4174066/1‑63 (MQ=255) aGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAAc > 1:667648/1‑71 (MQ=255) aGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAAc > 1:6458093/1‑71 (MQ=255) aGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAAc > 1:3916139/1‑71 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc > 1:5655361/1‑71 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc > 1:1786879/1‑71 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc < 1:2328247/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc < 1:3537792/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc < 1:1476291/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc < 1:6310317/71‑1 (MQ=255) gggtgGCGATTGGCCGTTCCATCGTGCGTGACCCAAAGGTGTTCCTGTTCGACGAGCCGCTGTCGAATCtg > 1:1891591/3‑70 (MQ=255) gggtgGCGATTGGCCGTTCCATCGTGCGTGACCCAAAGGTGTTCCTGTTCGACGAGCCGCTGTCGAATCtg > 1:6678711/3‑70 (MQ=255) gggtgGCGATTGGCCGTTCCATCGTGCGTGACCCAAAGGTGTTCCTGTTCGACGAGCCGCTGTCGAATCtg > 1:796582/3‑70 (MQ=255) gggtgGCGATTGGCCGTTCCATCGTGCGTGACCCAAAGGTGTTCCTGTTCGACGAGCCGCTGTCGAATCtg > 1:4782659/3‑70 (MQ=255) gggtgGCGATTGGCCGTTCCATCGTGCGTGACCCAAAGGTGTTCCTGTTCGACGAGCCGCTGTCGAATCtg > 1:1590400/3‑70 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga < 1:6842312/51‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga < 1:6797342/51‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga < 1:3830826/51‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:5672633/64‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:1378984/64‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTc < 1:5318514/70‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCg < 1:1438757/71‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCg < 1:6280202/71‑1 (MQ=255) tgtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCg < 1:5647428/71‑1 (MQ=255) gtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCTgtgt < 1:1857909/40‑1 (MQ=255) gtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGgtgt < 1:4907230/40‑1 (MQ=255) gtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga < 1:1266053/50‑1 (MQ=255) gtgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:5748344/63‑1 (MQ=255) tgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGgtgt > 1:6420562/1‑39 (MQ=255) tgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg > 1:2246787/1‑51 (MQ=255) tgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg > 1:5083344/1‑51 (MQ=255) tgGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtgatg > 1:2288813/1‑51 (MQ=255) ggCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATg > 1:5989576/1‑71 (MQ=255) gCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:700956/1‑47 (MQ=255) gCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:2562597/1‑47 (MQ=255) gCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:3097612/1‑47 (MQ=255) gCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGc > 1:3999424/1‑71 (MQ=255) gCGATGAGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:900003/1‑47 (MQ=255) gATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGcc > 1:4419764/1‑70 (MQ=255) gATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGcc > 1:1287597/1‑70 (MQ=255) aTGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCg > 1:3954045/1‑51 (MQ=255) aTGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAAcc > 1:2815594/1‑61 (MQ=255) aTGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGcc > 1:4576774/1‑69 (MQ=255) aTGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGcc > 1:6054443/1‑69 (MQ=255) tGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt < 1:862469/40‑1 (MQ=255) tGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt < 1:6577462/40‑1 (MQ=255) tGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGtt < 1:1893904/40‑1 (MQ=255) gggCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGttt < 1:6410573/40‑1 (MQ=255) ggCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGttt < 1:3134770/39‑1 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:3651933/1‑40 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:2499640/1‑40 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:4385413/1‑40 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:4723304/1‑40 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTtga > 1:2706189/1‑40 (MQ=255) gCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGctctct < 1:3701181/53‑1 (MQ=255) | GGACGGTCTGCTCAAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGCC > minE/2638380‑2638509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |