| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | W3110S.gb | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | W3110S.gb | 1301041–1302370 | 1302376 | 7–1336 | 56 [0] | [0] 58 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1301040 | 0 (0.000) | 33 (1.000) | 19/84 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | W3110S.gb | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
GCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300966‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 GCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA > 1:1319994/1‑70GCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA > 1:2591162/1‑70GCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA > 1:2586793/1‑70 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:1517539/69‑1 TTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:1909190/1‑70 CTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATT > 1:3558241/1‑70 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT > 1:734726/1‑70 TCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:800759/69‑1 CACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT > 1:1174868/1‑71 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:2004231/71‑1 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:3103627/71‑1 CATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:2972987/71‑1 CATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:2351016/1‑70 ATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA < 1:1575149/71‑1 ATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:1527679/1‑62 GTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:595100/59‑1 TATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT < 1:898447/56‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT < 1:3256112/70‑1 GCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTATGGTAG < 1:474560/70‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:665273/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:2481530/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:2127667/71‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:1019800/1‑70 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:3297528/1‑70 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:433061/1‑53 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA < 1:220874/64‑1 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT < 1:1773847/60‑1 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1005010/45‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCC < 1:550729/50‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATAT < 1:1805757/40‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA < 1:2376811/37‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA > 1:1845385/1‑44 TAATCCTTGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA > 1:1850726/1‑43 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:2885214/65‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:2880870/65‑1 TAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA > 1:1566388/1‑43 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCT > 1:1951821/1‑70 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:622942/1‑69 TCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:158005/62‑1 TCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:916774/43‑1 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA < 1:2710872/70‑1 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGG < 1:1553120/58‑1 GGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA > 1:2712289/1‑70 GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:3467392/1‑70 GGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:1658651/69‑1 TGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:3597685/1‑70 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:1348154/70‑1 AAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG > 1:3423793/1‑71 AAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG > 1:1882994/1‑71 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:938055/43‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:1144372/70‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:990527/71‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:2545104/1‑70 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA < 1:2115258/47‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT < 1:1645217/71‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAA < 1:2333914/58‑1 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTG > 1:2577145/1‑35 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:2509811/70‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG > 1:272271/1‑63 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:3303480/46‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:2674883/46‑1 TATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA < 1:2296264/41‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:594067/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT > 1:1776787/1‑49 GCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300966‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |