| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,101 | A→C | 92.0% | D12A (GAT→GCT) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,101 | 0 | A | C | 92.0% | 3653.3 / 132.9 | 1137 | D12A (GAT→GCT) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/47); new base C (565/478); total (610/527) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1142 total aligned reads displayed.
CTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTG > W3110S.gb/236033‑236169 | cgcttacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTa < 1:1766779‑M2/60‑1 (MQ=255) tacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACcgc < 1:975363‑M2/64‑2 (MQ=255) caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:1702000‑M2/6‑71 (MQ=255) caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:537912‑M2/6‑71 (MQ=255) ctCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:2091124‑M2/3‑71 (MQ=255) cAATTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc > 1:366786/1‑71 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc > 1:771080/1‑71 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccac > 1:142732/1‑70 (MQ=255) tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa < 1:5792/71‑1 (MQ=255) gACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCgc < 1:225639/57‑2 (MQ=255) gACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:671852/1‑70 (MQ=255) aTAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1593709/1‑70 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATTAACCa < 1:2599302/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAAc > 1:2345657/1‑69 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:622402/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1188246/1‑67 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2415807/71‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAaccac > 1:604735/1‑53 (MQ=255) ccGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTAt < 1:817416/58‑1 (MQ=255) cGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:2693197/54‑1 (MQ=255) gCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:1943498/57‑1 (MQ=255) gCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgc < 1:3506040/71‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc < 1:390941/47‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:745800/71‑1 (MQ=255) gAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc > 1:425699/1‑70 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacc > 1:1997062/1‑42 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg > 1:2666536/1‑57 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt > 1:2734099/1‑63 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1678071/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAac > 1:937184/1‑41 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGTTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3418958/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:1230945/1‑49 (MQ=39) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:3695983/54‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3087073/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1529819/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1559502/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1394114/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:846495/71‑1 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGa < 1:1334412/71‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa < 1:2041672/71‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacc < 1:3579924/37‑1 (MQ=38) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac < 1:2370636/36‑1 (MQ=38) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:244314/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:1294604/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGAACTATGAAgg > 1:15031/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTGTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:3484154/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGt > 1:887466/1‑41 (MQ=38) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:3201648/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:1157556/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:2633109/1‑71 (MQ=255) aaTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCg < 1:1840598/38‑1 (MQ=38) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:506451/50‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3139199/50‑1 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3035640/1‑70 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:21809/1‑42 (MQ=38) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:9084/1‑46 (MQ=39) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3368660/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:213888/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:1211967/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:221767/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCG‑AACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:1576316/1‑68 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCAACCGCAACCACCGGTATGAACCACAt > 1:1971691/1‑47 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:462835/71‑1 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:2910397/71‑1 (MQ=255) acGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGCCCACAAGa < 1:2818373/71‑1 (MQ=255) cGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:3301814/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:2950348/1‑67 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:3182336/1‑67 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGCTACCTCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1056225/71‑1 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1275879/71‑1 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1734497/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACAGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:3240075/1‑71 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa < 1:3448065/57‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:1001116/61‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:111945/38‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:2750138/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3535090/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3615964/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:1793723/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGTTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:1466051/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:1354301/1‑50 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:713967/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3105546/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2481586/1‑51 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:2856713/1‑49 (MQ=39) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2555333/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1909629/1‑52 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:792744/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcgc > 1:2890135/1‑44 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2510591/35‑1 (MQ=37) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1082964/48‑1 (MQ=39) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:2294730/1‑58 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:3267653/63‑1 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTg > 1:1808505/1‑71 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:3330497/1‑53 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:2787593/1‑59 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:2200333/1‑61 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:1880166/1‑71 (MQ=255) tcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgaga > 1:2991220/1‑66 (MQ=255) tcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTg < 1:1643606/69‑1 (MQ=255) | CTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTG > W3110S.gb/236033‑236169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |