| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,107 | A→C | 92.0% | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,107 | 0 | A | C | 92.0% | 3559.0 / 127.2 | 1106 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/47); new base C (540/475); total (584/522) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1139 total aligned reads displayed.
AAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGAA > W3110S.gb/236038‑236177 | caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:5949‑M2/6‑71 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc > 1:869411/1‑71 (MQ=255) cAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc > 1:1829132/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCg > 1:3617369/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACAGCAaccac < 1:733940/69‑1 (MQ=255) cTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:320071/1‑61 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa > 1:1109523/1‑69 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATTAACCa < 1:2599302/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:1528216/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:493409/71‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAAc > 1:2345657/1‑69 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAcc > 1:1775808/1‑68 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:666170/1‑67 (MQ=255) aTGCCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:168447/1‑71 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt > 1:1385970/1‑71 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3654205/71‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:2783997/70‑1 (MQ=255) ccGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGTACCAGATTGGt < 1:2721946/71‑1 (MQ=255) gCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgc < 1:3506040/71‑1 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:2856678/1‑71 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:201281/71‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:2748287/1‑40 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa > 1:1973063/1‑53 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg > 1:2666536/1‑57 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1656735/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:3481847/1‑71 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:1230945/1‑49 (MQ=39) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:3695983/54‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3180839/71‑1 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1154004/1‑70 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2944544/55‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac < 1:2370636/36‑1 (MQ=38) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:892384/1‑53 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:1294604/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:244314/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:1501166/1‑51 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:765650/1‑52 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:2150270/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:1750459/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc < 1:1586239/71‑1 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:2633109/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:2309419/1‑51 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg < 1:832674/47‑1 (MQ=39) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:620340/50‑1 (MQ=255) acagGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2204832/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt > 1:3138057/1‑51 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3302547/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:953784/1‑69 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:462835/71‑1 (MQ=255) acGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATTaa < 1:915004/61‑1 (MQ=255) acGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGCCCACAAGa < 1:2818373/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:1211358/1‑42 (MQ=38) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:533647/44‑1 (MQ=38) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:1706552/1‑70 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:1619329/71‑1 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGCTACCTCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1056225/71‑1 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1275879/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:2100556/1‑71 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACAGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:3240075/1‑71 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:708200/54‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:387283/1‑69 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt < 1:3541113/71‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt < 1:2414823/71‑1 (MQ=255) aGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt < 1:2041977/71‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2276341/40‑1 (MQ=38) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc < 1:1870081/58‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:1001116/61‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:1185652/1‑38 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTTCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:2983067/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1472322/1‑54 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:805553/1‑69 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:194363/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3415955/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTAGCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:1327086/1‑40 (MQ=37) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGTTATGAACCAGAtt < 1:2228789/38‑1 (MQ=25) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:789545/1‑37 (MQ=37) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2886538/37‑1 (MQ=37) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:1354301/1‑50 (MQ=255) tCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:2481586/1‑51 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2555333/50‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:1908976/1‑60 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:1081787/63‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:41461/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3027244/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:1435969/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAta > 1:1555487/1‑66 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2510591/35‑1 (MQ=37) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:3267653/63‑1 (MQ=255) ttCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt < 1:1570084/71‑1 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTTCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt > 1:2687855/1‑70 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:309579/1‑45 (MQ=38) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAg > 1:2902040/1‑49 (MQ=39) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:3330497/1‑53 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:1804627/1‑71 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:3367454/3‑58 (MQ=255) gctACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGc < 1:2184412/69‑1 (MQ=255) aTACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTg < 1:3447196/60‑1 (MQ=255) tACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa < 1:3591965/51‑1 (MQ=255) ccGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:570312/58‑1 (MQ=255) ccGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGtt > 1:307592/1‑71 (MQ=255) | AAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCGTTGAA > W3110S.gb/236038‑236177 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |