| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 9 (0.230) | 65 (1.630) | 38/100 | NT | 87.8% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:1892009/1‑71TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:1633981/1‑71 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA < 1:544975/71‑1 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA < 1:191660/71‑1 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA < 1:17488/71‑1 TTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:1452957/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:635205/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1612228/1‑71 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:896526/1‑70 TTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:1823491/52‑1 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:3744744/66‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:2554109/71‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:2609989/70‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:402064/1‑53 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:1518766/1‑53 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1784545/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:2885217/1‑58 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:403029/1‑58 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:817095/71‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT > 1:2096757/1‑70 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG‑AATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:2959233/70‑1 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT < 1:544583/71‑1 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG > 1:1200630/1‑71 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:1201950/71‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT > 1:414434/1‑70 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 1:65255/61‑1 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1378807/1‑51 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCA > 1:935960/1‑46 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:1349876/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1744288/62‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAA > 1:1782925/1‑37 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:2359334/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:31800/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:448598/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1556270/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1214235/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:397783/70‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCA < 1:2933452/40‑1 GCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:3738981/48‑1 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:884684/1‑71 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC < 1:2834719/71‑1 TTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3129141/40‑1 TTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3769694/40‑1 TTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3359185/40‑1 TTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3360929/40‑1 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:2895060/1‑71 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:455646/1‑71 TCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:3733999/61‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTAT > 1:1319927/1‑37 aGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:3568996/70‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:2960056/71‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:1680766/71‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:2010443/71‑1 GGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT < 1:2695482/71‑1 GTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 1:2060858/65‑1 GTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT < 1:1889640/40‑1 TATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:2831509/1‑71 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:672939/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:2431022/52‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:3615681/51‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:3432879/51‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:1161578/42‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:3731123/42‑1 TGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 1:1614075/1‑71 TGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 1:2301379/1‑71 TGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 1:1623972/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:2040578/1‑71 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC < 1:1988191/70‑1 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:3251672/1‑69 TAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA < 1:1122267/64‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1102190/43‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:783777/43‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:3321409/70‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:2514081/39‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:2596833/39‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:348650/35‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:1021067/35‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:2886147/35‑1 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |