| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 56 (1.400) | 755 (18.940) | 95/100 | NT | 92.0% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 75 (1.880) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 1002 total aligned reads displayed.
TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGT > W3110S.gb/713884‑714021 | tGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa < 1:2717632/71‑1 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg < 1:1563620‑M1/71‑3 (MQ=255) cGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggc > 1:341337‑M1/1‑67 (MQ=255) cGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggc > 1:2906844‑M1/1‑67 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:470111‑M1/71‑8 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:2237921‑M1/71‑12 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaat > 1:2671096‑M1/1‑60 (MQ=255) catGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaat > 1:3107702‑M1/1‑58 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:3212915/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:1235944‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:1538503‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:132895‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:2328815/1‑70 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:2764404‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:3437778‑M1/71‑16 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:3029836/1‑51 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:2024347‑M1/64‑14 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa < 1:1804543‑M1/64‑14 (MQ=255) cGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:1356961/1‑50 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:2989479‑M1/70‑22 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:66660‑M1/1‑49 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:1845704‑M1/70‑22 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:2078496‑M1/64‑16 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:1000222‑M1/1‑49 (MQ=255) aTGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:1142077‑M1/69‑22 (MQ=255) gCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:2458746‑M1/1‑46 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaa > 1:3080640‑M1/1‑45 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:754589‑M1/52‑8 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:376254‑M1/71‑28 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1177776‑M1/71‑28 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:631856‑M1/59‑16 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:2048562‑M1/55‑12 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca > 1:1280401‑M1/1‑43 (MQ=255) aTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc > 1:3692035‑M1/1‑43 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATgg < 1:2372901/71‑1 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATATAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa < 1:3287936‑M1/71‑30 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:3557895/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:1415248‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaat < 1:1886112‑M1/70‑31 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:2004565‑M1/1‑40 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgg < 1:3500823‑M1/71‑33 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:3636981‑M1/70‑32 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga < 1:1992412‑M1/71‑34 (MQ=255) cggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt > 1:692152‑M1/1‑38 (MQ=255) ggcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatt < 1:1211558‑M1/48‑12 (MQ=255) gcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3861071‑M1/1‑36 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:2835755‑M1/64‑32 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:870409‑M1/62‑32 (MQ=255) tgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCg > 1:2112993/1‑71 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1624840‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:3799873‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:809464‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:3348997‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:2281401‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:2950862‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:2925954‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcata > 1:2389756‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:2515091‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:3593984‑M1/43‑16 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:1494965‑M1/43‑16 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:1596670‑M1/1‑28 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:584000‑M1/54‑28 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:528324‑M1/40‑15 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:1704246‑M1/40‑15 (MQ=255) tgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacg > 1:2161837‑M1/1‑25 (MQ=255) tgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:733439‑M1/1‑25 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:2426012‑M1/1‑24 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagt < 1:2262573‑M1/60‑38 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca < 1:2865835‑M1/44‑22 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc > 1:553612‑M1/1‑22 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc > 1:1077153‑M1/1‑22 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:1454930‑M1/1‑19 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATc < 1:1763631/53‑1 (MQ=255) gTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt < 1:3185058‑M1/56‑39 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:49447‑M1/44‑28 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:129814‑M1/36‑20 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttc > 1:109722‑M1/1‑16 (MQ=255) cGGAACTATGTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:2801607‑M1/70‑58 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:1925481‑M1/70‑58 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacacaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:2136638‑M1/70‑58 (MQ=255) gAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGcac < 1:3243401/70‑1 (MQ=255) aCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggat > 1:838849‑M1/1‑9 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgct < 1:422431‑M1/71‑64 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:31685‑M1/1‑8 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgcta > 1:332686‑M1/1‑6 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggata > 1:1954531‑M1/1‑6 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa > 1:1669693‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2200147‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:899592‑M1/47‑43 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatag > 1:2571225‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgacgtcatacccaaatgga < 1:3469773‑M1/38‑34 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt > 1:955133‑M1/1‑4 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaaaa > 1:2601827‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:1047940‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:3383173‑M1/1‑3 (MQ=255) aacggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:3725170‑M1/1‑2 (MQ=255) aacggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggata > 1:3663445‑M1/1‑2 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttt > 1:3834264‑M1/1‑1 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggat < 1:3150713‑M1/35‑35 (MQ=255) aaaCGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGt < 1:1725335/68‑1 (MQ=255) | TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGT > W3110S.gb/713884‑714021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |