| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 63 (1.580) | 36/100 | NT | 94.0% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 4 (0.100) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748737‑3748877 | atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:2301379‑M1/63‑71 (MQ=255)atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:1623972‑M1/63‑71 (MQ=255)atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:1614075‑M1/63‑71 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:349910‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1892514‑M2/1‑68 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:672939‑M1/11‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtg > 1:667600‑M2/1‑67 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1358506‑M2/70‑4 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc < 1:2695482‑M1/15‑1 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:2010443‑M1/17‑1 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:1680766‑M1/17‑1 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:2750717‑M2/65‑6 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataac < 1:2060858‑M1/14‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:2895060‑M1/49‑71 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg < 1:2834719‑M1/25‑1 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:884684‑M1/47‑71 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:2320662‑M2/70‑19 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:397783‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:448598‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1556270‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1214235‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg < 1:2359334‑M1/30‑1 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa < 1:3733999‑M1/23‑1 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgattctgccaacttactgattt > 1:683760‑M2/1‑46 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2283390‑M2/1‑46 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3259106‑M2/1‑46 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc > 1:414434‑M1/36‑70 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:3753806‑M2/71‑28 (MQ=255) 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1:1744288‑M1/32‑1 (MQ=255) ggAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 1:250826‑M2/70‑33 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:2157632‑M2/1‑37 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:65255‑M1/34‑1 (MQ=255) aGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:2434591‑M2/1‑36 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataac < 1:1889640‑M1/14‑1 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:2554109‑M1/45‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc < 1:3738981‑M1/26‑1 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:896526‑M1/21‑70 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:1378807‑M1/19‑51 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:2885217‑M1/19‑58 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:403029‑M1/19‑58 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:635205‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2632098‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3528059‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:3497144‑M2/71‑45 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1448739‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:3126626‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1047643‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1112342‑M2/70‑45 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1801707‑M2/70‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:3096951‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:3683474‑M2/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGaa < 1:3359185‑M1/24‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGaa < 1:3129141‑M1/24‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg < 1:544975‑M1/57‑1 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:1721047‑M2/71‑50 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:970776‑M2/65‑44 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:936282‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:1904014‑M2/48‑27 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:2933452‑M1/27‑1 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:935960‑M1/14‑46 (MQ=255) ttAAATATGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:499497‑M2/71‑51 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:2405597‑M2/67‑49 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:1518766‑M1/9‑53 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1947844‑M2/1‑17 (MQ=255) ttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1782925‑M1/6‑37 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:3438963‑M2/1‑14 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:3834471‑M2/1‑14 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATaa < 1:1823491‑M1/48‑1 (MQ=255) cTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttacttatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3284456‑M2/1‑12 (MQ=255) cTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3771876‑M2/1‑12 (MQ=255) cTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:709630‑M2/1‑12 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2666899‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2662391‑M2/1‑11 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:2066692‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:1617624‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGTCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc < 1:3603794/71‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa < 1:329870/47‑1 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa > 1:3417204/1‑56 (MQ=255) ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg > 1:3227600‑M2/1‑6 (MQ=255) ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 1:3258016‑M2/1‑6 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa < 1:3110650/43‑1 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAcc < 1:764749/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |