| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,979,220 | T→C | 10.4% | P113P (CCA→CCG) | flhC ← | DNA‑binding transcriptional regulator with FlhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,979,220 | 0 | T | C | 10.4% | 122.3 / 5.3 | 48 | P113P (CCA→CCG) | flhC | DNA‑binding transcriptional regulator with FlhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/12); new base C (2/3); total (33/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
AAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGC > W3110S.gb/1979156‑1979287 | aaaGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTg > 1:1101372/1‑66 (MQ=255) ttGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTgg < 1:1435168/63‑1 (MQ=255) ttGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTgg < 1:1156851/63‑1 (MQ=255) tAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCtt < 1:894489/71‑1 (MQ=255) ccACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTgg > 1:1151738/1‑71 (MQ=255) cTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCa > 1:977278/1‑71 (MQ=255) cTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCa > 1:32746/1‑71 (MQ=255) tttCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCAc > 1:3208227/1‑71 (MQ=255) tCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGc > 1:3499969/1‑59 (MQ=255) tCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTg > 1:2815161/1‑71 (MQ=255) tCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTg > 1:331894/1‑71 (MQ=255) tCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTg > 1:3240384/1‑71 (MQ=255) aaCCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTc < 1:1093195/68‑1 (MQ=255) cACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGtata < 1:3537921/71‑1 (MQ=255) ccAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGCGGTCCTTCTTCTGCTTGCGGGCACTGTTCAAGGTATaaa < 1:1785138/71‑1 (MQ=255) ccAATGCCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGCGGTCCTTCTTCTGCTTGCGGGCACTGTTCAAGGTATaaa < 1:2415336/71‑1 (MQ=255) aaTGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACg > 1:2990996/1‑71 (MQ=255) aTGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTg > 1:1205044/1‑42 (MQ=255) tGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACTGt < 1:1240089/71‑1 (MQ=255) gTCCAGGCACGGGTTAATGGCAGCAGCGGTCCTTCTTCTGCTTGCGGGCACTGTTCAAGGtttata < 1:1153068/66‑3 (MQ=255) tCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTa < 1:152877/70‑1 (MQ=255) tCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTa < 1:887384/70‑1 (MQ=255) tCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAg > 1:3540244/1‑71 (MQ=255) tCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAg > 1:320280/1‑71 (MQ=255) cAGGCACGTGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGc > 1:3714990/1‑71 (MQ=255) cAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGc > 1:701754/1‑71 (MQ=255) cAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGc > 1:2215191/1‑71 (MQ=255) ggCACGGGTTAATGCCAGCAGCGGTCCTTCTTCTGCtt > 1:299988/1‑38 (MQ=255) ggCACGGGTTAATGCCAGCAGCGGTCCTTCTTCTGCTTGCGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCtt > 1:1523263/1‑71 (MQ=255) gCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACgg < 1:2071816/63‑1 (MQ=255) aCGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGa > 1:3451428/1‑71 (MQ=255) cGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACgg < 1:2139772/60‑1 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGtat > 1:2898758/1‑49 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGtat > 1:2575145/1‑49 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGtat > 1:197764/1‑49 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGtat > 1:1365403/1‑49 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCg > 1:1007702/1‑71 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCg > 1:2648980/1‑71 (MQ=255) tAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCg > 1:1331885/1‑71 (MQ=255) aaTGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTa > 1:998075/1‑56 (MQ=255) aaTGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCAc > 1:2266086/1‑68 (MQ=255) gCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCAc > 1:3573626/1‑65 (MQ=255) gCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCAc > 1:465322/1‑65 (MQ=255) gCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCAc > 1:1001272/1‑65 (MQ=255) ccAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGAt > 1:634513/1‑61 (MQ=255) ccAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGAt > 1:1096466/1‑61 (MQ=255) ccAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATc < 1:22911/70‑1 (MQ=255) cagcagTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATAGa < 1:1115184/71‑1 (MQ=255) tGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGc < 1:2402611/68‑1 (MQ=255) | AAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGC > W3110S.gb/1979156‑1979287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |