| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,419,932 | A→G | 12.2% | A339A (GCA→GCG) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,419,932 | 0 | A | G | 12.2% | 142.8 / 10.2 | 57 | A339A (GCA→GCG) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/30); new base G (4/3); total (24/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCA > W3110S.gb/2419864‑2419996 | tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAAt > 1:1772051/1‑71 (MQ=255)tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAAt > 1:1653399/1‑71 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATgg > 1:3031402/1‑71 (MQ=255) cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATgg > 1:1806959/1‑71 (MQ=255) cTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGt > 1:951446/1‑70 (MQ=255) gcTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg < 1:475028/71‑1 (MQ=255) gcTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg < 1:421779/71‑1 (MQ=255) ggatggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGt > 1:3229740/1‑71 (MQ=255) gtcTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGc < 1:1158319/71‑1 (MQ=255) tcTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGaa < 1:1140596/58‑1 (MQ=255) tcTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGaa < 1:3005820/58‑1 (MQ=255) tcTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATAGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGaa < 1:1682488/58‑1 (MQ=255) tGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGACGCAAt > 1:500068/1‑46 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa < 1:1366226/69‑1 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa < 1:1729246/69‑1 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaa < 1:2085071/68‑1 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaa < 1:2089486/68‑1 (MQ=255) gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaa < 1:3309500/68‑1 (MQ=255) cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTTTCTCTGGGCAAACTgg > 1:2627415/1‑71 (MQ=255) cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTgg > 1:3014325/1‑71 (MQ=255) cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTgg > 1:3799203/1‑71 (MQ=255) cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTgg > 1:2200784/1‑71 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACt < 1:606757/68‑1 (MQ=255) gCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCg < 1:1921187/47‑1 (MQ=255) ttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTggg < 1:3387377/67‑1 (MQ=255) ttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTggg < 1:2498921/67‑1 (MQ=255) ttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTggg < 1:868582/67‑1 (MQ=255) gtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTg > 1:150371/1‑63 (MQ=255) aTTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTgg > 1:276146/1‑71 (MQ=255) aTTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTgg > 1:3151191/1‑71 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa > 1:334945/1‑55 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa > 1:2996941/1‑55 (MQ=255) cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTgg > 1:3761247/1‑59 (MQ=255) aCTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg < 1:1290282/37‑1 (MQ=255) aCTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCt < 1:2627718/70‑1 (MQ=255) gtggtATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGTCGTGCTGGGCTTTg < 1:2324360/69‑1 (MQ=255) gtggtATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTg < 1:175563/69‑1 (MQ=255) gtggtATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGa < 1:1579935/70‑1 (MQ=255) tATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGt < 1:531568/54‑1 (MQ=255) tATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAATTTg < 1:780281/71‑1 (MQ=255) aTCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAg > 1:290004/1‑67 (MQ=255) aTCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAg > 1:2947781/1‑67 (MQ=255) tCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTctct < 1:33608/37‑1 (MQ=255) tCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTTGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGa < 1:2167818/70‑1 (MQ=255) tCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGc < 1:3639587/59‑1 (MQ=255) tCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGa < 1:3573604/70‑1 (MQ=255) ggTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCa > 1:1638771/1‑71 (MQ=255) ggTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCa > 1:1167863/1‑71 (MQ=255) ggTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCa > 1:2382617/1‑71 (MQ=255) tGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATg < 1:1238104/71‑1 (MQ=255) aaaaTGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATc < 1:3504012/66‑1 (MQ=255) aaaaTGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATc < 1:2447876/66‑1 (MQ=255) aaaaTGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAAc > 1:285255/1‑39 (MQ=255) aaaaTGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACt > 1:260500/1‑40 (MQ=255) aaTGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGaa < 1:2029587/69‑1 (MQ=255) tGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCa < 1:1822809/71‑1 (MQ=255) cAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGc < 1:1875919/44‑1 (MQ=255) | TACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCA > W3110S.gb/2419864‑2419996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |