| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,805,127 | C→A | 12.8% | T154T (ACC→ACA) | proW → | glycine betaine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,805,127 | 0 | C | A | 12.8% | 135.3 / 4.5 | 46 | T154T (ACC→ACA) | proW | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/21); new base A (3/3); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGC > W3110S.gb/2805058‑2805195 | ttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCg > 1:3607864/1‑71 (MQ=255) tCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCg < 1:1018913/70‑1 (MQ=255) tCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCg < 1:440086/70‑1 (MQ=255) cTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCct > 1:1554330/1‑71 (MQ=255) ccATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGtt < 1:1715143/70‑1 (MQ=255) ggCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTAt > 1:1364926/1‑71 (MQ=255) tCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCctg < 1:1894912/53‑1 (MQ=255) tCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCctg < 1:1606640/53‑1 (MQ=255) ggTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCgg < 1:2346802/71‑1 (MQ=255) cTGGTCACAGGCAATGGTTACCCTGGCGCTGGTGTTAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATAGGTTTGc > 1:3097453/1‑71 (MQ=255) cTGGTCACAGGCAATGGTTACCCTGGCGCTGGTGTTAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATAGGTTTGc > 1:593629/1‑71 (MQ=255) tGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGcc > 1:2676185/1‑71 (MQ=255) ggcGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGcc < 1:2610273/67‑1 (MQ=255) gTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt > 1:1224767/1‑71 (MQ=255) tCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGtt < 1:1315910/71‑1 (MQ=255) cGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg > 1:2378821/1‑71 (MQ=255) ggCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGa < 1:1974463/71‑1 (MQ=255) ggCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGa < 1:2746974/71‑1 (MQ=255) gCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGat < 1:3756413/71‑1 (MQ=255) cAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCg > 1:2326736/1‑54 (MQ=255) cAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCg > 1:2538021/1‑54 (MQ=255) cAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCg > 1:3073316/1‑54 (MQ=255) cAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCg > 1:905703/1‑54 (MQ=255) ggTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggc > 1:159436/1‑71 (MQ=255) ggTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggc > 1:729603/1‑71 (MQ=255) ggTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggc > 1:764415/1‑71 (MQ=255) gTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGata > 1:1957882/1‑66 (MQ=255) gTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggct > 1:1391371/1‑71 (MQ=255) tGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCgg < 1:583832/49‑1 (MQ=255) tGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCgg < 1:942682/49‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGTGTTAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa > 1:2674363/1‑39 (MQ=255) gcgcTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag < 1:3210225/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag < 1:207300/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgag < 1:3754564/68‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt < 1:2592299/40‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt < 1:1350696/40‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt < 1:1862511/40‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt < 1:411308/40‑1 (MQ=255) ttAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGt < 1:3564719/40‑1 (MQ=255) ttAACCGCCATGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg > 1:144446/1‑42 (MQ=255) ttAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATAGGTTTGCCGTTGGGGATCTGGCTGGCgaga < 1:1476289/60‑1 (MQ=255) ttAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATAGGTTTGCCGTTGGGGATCTGGCTGGCgaga < 1:3263000/60‑1 (MQ=255) ttAACAGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATAGGTTTGCCGTTGGGGATCTGGCTGGCgaga < 1:1173027/60‑1 (MQ=255) tAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAgcg > 1:431410/1‑71 (MQ=255) aaCCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg > 1:1244979/1‑40 (MQ=255) aaCCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAgcg > 1:450542/1‑70 (MQ=255) ccGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGa < 1:3833671/42‑1 (MQ=255) ccGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGa < 1:2066487/42‑1 (MQ=255) ccGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGAGAgcggc > 1:1881843/1‑70 (MQ=255) | TTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGC > W3110S.gb/2805058‑2805195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |