| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,020,886 | A→G | 7.9% | E305E (GAA→GAG) | xdhD → | fused predicted xanthine/hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding subunit and Fe‑S binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,020,886 | 0 | A | G | 7.9% | 202.6 / 6.3 | 76 | E305E (GAA→GAG) | xdhD | fused predicted xanthine/hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding subunit and Fe‑S binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/35); new base G (4/2); total (39/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
TTGCGCTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTGCGCCAGATAC > W3110S.gb/3020816‑3020954 | ttGCGCTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGaa > 1:3470472/1‑71 (MQ=255) cgcTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGc < 1:3219434/70‑1 (MQ=255) cgcTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGc > 1:597565/1‑70 (MQ=255) cgcTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGc < 1:1619390/70‑1 (MQ=255) gcTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCa < 1:559958/70‑1 (MQ=255) cTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCaa < 1:3028931/70‑1 (MQ=255) tCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATg > 1:1944678/1‑71 (MQ=255) aGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCgg < 1:936614/71‑1 (MQ=255) cACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGaa < 1:595595/71‑1 (MQ=255) cACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGaa < 1:3235705/71‑1 (MQ=255) cACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGaa < 1:3666113/71‑1 (MQ=255) cACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGaa < 1:1487463/71‑1 (MQ=255) aaGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCaa > 1:1271942/1‑58 (MQ=255) aaGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAAt > 1:145934/1‑59 (MQ=255) aaGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATgc > 1:2144035/1‑71 (MQ=255) aaGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATgc > 1:1395365/1‑71 (MQ=255) tCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCt > 1:597905/1‑71 (MQ=255) aTCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTg < 1:2469210/70‑1 (MQ=255) aTCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTg < 1:3648604/70‑1 (MQ=255) aTCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGt < 1:1718744/71‑1 (MQ=255) tCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGc < 1:2312113/49‑1 (MQ=255) gACGTTGAATATGAAGTGCTTATGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGt > 1:1699263/1‑71 (MQ=255) gACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGt > 1:336885/1‑71 (MQ=255) gACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGt > 1:3386236/1‑71 (MQ=255) gACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGt > 1:2219608/1‑71 (MQ=255) aCGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTg < 1:1266157/71‑1 (MQ=255) gAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCaa > 1:2898564/1‑43 (MQ=255) gAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGa > 1:1582098/1‑53 (MQ=255) gAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGa > 1:1512917/1‑71 (MQ=255) gAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGa > 1:1927957/1‑71 (MQ=255) tatGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGa < 1:3404094/71‑1 (MQ=255) tatGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGa < 1:2272486/71‑1 (MQ=255) tGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAAc > 1:165025/1‑71 (MQ=255) aaGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCg < 1:696258/41‑1 (MQ=255) aGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCgg < 1:1408449/71‑1 (MQ=255) gTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAg < 1:1974907/43‑1 (MQ=255) gTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAg < 1:2865627/43‑1 (MQ=255) gTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCggt < 1:2577045/71‑1 (MQ=255) gTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCggt < 1:1333408/71‑1 (MQ=255) gTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCggt < 1:3767244/71‑1 (MQ=255) cTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGaa > 1:1300926/1‑63 (MQ=255) cTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGaa > 1:3436006/1‑63 (MQ=255) ttAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCgg < 1:3564614/66‑1 (MQ=255) tAAGCCGGTAATGTCGATTGACGAGGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGgtggtg > 1:2324310/1‑70 (MQ=255) tAAGCCGGTAATGTCGATTGACGAGGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGgtggtg > 1:534780/1‑70 (MQ=255) tAAGCCGGTAATGTCGATTGACGAGGCAATGGCGGAAGATGCGACTGTCGTGCACGATGAACCgg > 1:2822966/1‑65 (MQ=255) aaGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGAt > 1:603268/1‑57 (MQ=255) aaGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGAt > 1:3569535/1‑57 (MQ=255) aaGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGgtggtg < 1:2759470/69‑1 (MQ=255) aaGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGgtgt < 1:2538116/70‑1 (MQ=255) gTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGc < 1:2217810/71‑1 (MQ=255) tAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGgtggtg < 1:3535764/62‑1 (MQ=255) aaTGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCt < 1:2257653/70‑1 (MQ=255) aaTGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTg > 1:3556278/1‑71 (MQ=255) aTGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTa > 1:228399/1‑62 (MQ=255) aTGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTa > 1:3818752/1‑62 (MQ=255) aTGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTg < 1:588933/70‑1 (MQ=255) tGTCGATTGACGAGGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGt < 1:1192333/71‑1 (MQ=255) tGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTAt < 1:2135674/62‑1 (MQ=255) tGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGt > 1:1060078/1‑71 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACg < 1:3288552/43‑1 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACg < 1:3284110/43‑1 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGt > 1:1622862/1‑69 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgc > 1:2267316/1‑71 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgc > 1:3592805/1‑71 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgc > 1:459395/1‑71 (MQ=255) tcgatcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgc > 1:2179861/1‑71 (MQ=255) ttgacgaGGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGt < 1:2186876/63‑1 (MQ=255) tcgaCGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTGCGCCa < 1:2128721/71‑1 (MQ=255) tgacgaGGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgcgc > 1:2762740/2‑68 (MQ=255) cgacgaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgcgc > 1:2234040/1‑68 (MQ=255) cgacgaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgcgc > 1:3421656/1‑68 (MQ=255) cgacgaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgcgc > 1:665064/1‑68 (MQ=255) cgacgaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTgcgc > 1:3306323/1‑68 (MQ=255) cgacgaAGCAATGGCGGAAGATGAGCCTGTCGTGCACGAAGAACCGGTGGTGTATGTTGCt > 1:1063113/1‑61 (MQ=255) gacgaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTGCGCCAGa < 1:673624/71‑1 (MQ=255) gaAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTGCGCCAGATAc > 1:760642/1‑71 (MQ=255) | TTGCGCTCGAAGCACTGAAGCTCATCGACGTTGAATATGAAGTGCTTAAGCCGGTAATGTCGATCGACGAAGCAATGGCGGAAGATGCGCCTGTCGTGCACGATGAACCGGTGGTGTATGTTGCTGGTGCGCCAGATAC > W3110S.gb/3020816‑3020954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |