| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,170,237 | C→T | 13.3% | R366R (CGC→CGT) | qseC → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,170,237 | 0 | C | T | 13.3% | 149.0 / 12.4 | 60 | R366R (CGC→CGT) | qseC | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/24); new base T (5/3); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
CATCAAACGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGATAACGG > W3110S.gb/3170168‑3170305 | cATCAAACGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCt < 1:1180624/71‑1 (MQ=255)cATCAAACGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCt < 1:2685944/71‑1 (MQ=255) cAAACGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTa > 1:2597886/1‑69 (MQ=255) aaaCGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAg > 1:3061663/1‑71 (MQ=255) aaaCGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAg > 1:989179/1‑71 (MQ=255) cGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTc > 1:779888/1‑70 (MQ=255) aCCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCcaca < 1:3570430/71‑1 (MQ=255) aCCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCcaca < 1:606618/71‑1 (MQ=255) cAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCCACAAGGTAg < 1:3819080/71‑1 (MQ=255) cAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCCACAAGGTAg < 1:582019/71‑1 (MQ=255) cAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCCACAAGGTAg < 1:577468/71‑1 (MQ=255) cAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAg > 1:1744457/1‑71 (MQ=255) ccGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGt < 1:863461/71‑1 (MQ=255) ccGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGt < 1:3689544/71‑1 (MQ=255) gCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTgg < 1:3322247/71‑1 (MQ=255) gCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTgg < 1:3820032/71‑1 (MQ=255) gCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGATACAGTCCACAGGGCAGCGTgg < 1:993804/71‑1 (MQ=255) ttGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTcc < 1:3863071/53‑1 (MQ=255) ttGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAg < 1:1379610/57‑1 (MQ=255) ttGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTa > 1:1599948/1‑69 (MQ=255) ttGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTa > 1:3073303/1‑69 (MQ=255) gCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCTCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACg > 1:557583/1‑71 (MQ=255) gCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACg > 1:2112459/1‑71 (MQ=255) cTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGt < 1:1619712/71‑1 (MQ=255) tAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCcacaa > 1:417260/1‑52 (MQ=255) tAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCcacaa > 1:2734696/1‑52 (MQ=255) tAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCcacaa > 1:2875000/1‑52 (MQ=255) tAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCcacaa > 1:1678872/1‑52 (MQ=255) tAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGTTACAGTCcacaa > 1:2106975/1‑52 (MQ=255) aGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCa < 1:2754592/70‑1 (MQ=255) gTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACg > 1:1274166/1‑71 (MQ=255) tttGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAgg > 1:2555459/1‑50 (MQ=255) tttGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAgg > 1:259413/1‑50 (MQ=255) ttgttgGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCt > 1:3616492/1‑71 (MQ=255) ttgttgGTGCGAAAGTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGc > 1:3597113/1‑70 (MQ=255) tgttgGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCt > 1:2145705/1‑70 (MQ=255) tgttgGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCt < 1:3238717/70‑1 (MQ=255) gttgGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTg < 1:1099885/70‑1 (MQ=255) ggTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATg > 1:2920881/1‑71 (MQ=255) cGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGa > 1:815777/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGa > 1:1133010/1‑70 (MQ=255) gAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGa > 1:1806726/1‑70 (MQ=255) aaaTTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGAt > 1:2988385/1‑70 (MQ=255) aTTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAAt > 1:3374581/1‑71 (MQ=255) tttGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCAc < 1:35485/54‑1 (MQ=255) tttGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCAc < 1:3361648/54‑1 (MQ=255) tGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAAtt > 1:806142/1‑69 (MQ=255) gCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTc < 1:816631/70‑1 (MQ=255) ggATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCg > 1:1838124/1‑71 (MQ=255) gATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGa > 1:1676680/1‑41 (MQ=255) gATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATc < 1:1217898/69‑1 (MQ=255) gATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGt > 1:2240591/1‑71 (MQ=255) gATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGt < 1:2613005/71‑1 (MQ=255) aTAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGt > 1:3695350/1‑70 (MQ=255) aCGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGt < 1:2895850/67‑1 (MQ=255) aCGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAgg > 1:1680323/1‑71 (MQ=255) ccGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGAt < 1:438984/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGAt < 1:3808436/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGAt < 1:848710/71‑1 (MQ=255) cGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGATa < 1:2240713/71‑1 (MQ=255) gcgcTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGATAAc > 1:3558282/1‑70 (MQ=255) cgcTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGATAACgg > 1:1597036/1‑71 (MQ=255) gcTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTg < 1:1381573/59‑1 (MQ=255) | CATCAAACGCACCGGGCAACCGCTATTGCTAAGTTTGTTGGTGCGAAATTTGCTGGATAACGCCGTGCGCTACAGTCCACAGGGCAGCGTGGTAGACGTCACGCTGAATGCTGATAATTTCATCGTGAGGGATAACGG > W3110S.gb/3170168‑3170305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |