| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,603,754 | G→T | 7.6% | H146N (CAT→AAT) ‡ | yigZ ← | predicted elongation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,603,754 | 0 | G | T | 7.6% | 283.7 / 4.1 | 90 | H146N (CAT→AAT) ‡ | yigZ | predicted elongation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/36); new base T (2/5); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATAATCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTGGCGCAGCGCCTGA > W3110S.gb/3603688‑3603824 | gATAATCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGatat > 1:15102/1‑71 (MQ=255)gATAATCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGatat > 1:64184/1‑71 (MQ=255) tAATCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATAtt > 1:2679945/1‑70 (MQ=255) aTCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTca > 1:1769397/1‑70 (MQ=255) aTCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTca > 1:368035/1‑70 (MQ=255) aTCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGACTATATTca < 1:2716601/70‑1 (MQ=255) tCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTcaca < 1:457703/71‑1 (MQ=255) tGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTc < 1:1661628/64‑1 (MQ=255) tGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTc < 1:2820230/64‑1 (MQ=255) gATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg > 1:3079943/1‑71 (MQ=255) gATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg > 1:1325884/1‑71 (MQ=255) aTAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg < 1:24374/70‑1 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCACCGGTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACAt > 1:2584583/1‑62 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta < 1:1806331/71‑1 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:2226585/1‑71 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:2991309/1‑71 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta < 1:2349801/71‑1 (MQ=255) tAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:803789/1‑71 (MQ=255) aTTTTGCGGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTcaca > 1:311464/1‑59 (MQ=255) aTTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTcaca > 1:3723784/1‑59 (MQ=255) ttttGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTatat > 1:475616/1‑71 (MQ=255) ttGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:2020366/1‑63 (MQ=255) ttGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:3194349/1‑63 (MQ=255) ttGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:2274274/1‑63 (MQ=255) ttGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTc > 1:2793234/1‑71 (MQ=255) tGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTc < 1:1532988/70‑1 (MQ=255) gTCACACTGCCCCAGCAACGCTTGAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTa < 1:2814221/71‑1 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTca < 1:1525955/46‑1 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTca < 1:1310337/46‑1 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTc > 1:2452916/1‑45 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:100542/1‑55 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:3284430/1‑55 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:1295203/1‑55 (MQ=255) acacTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATg > 1:1135037/1‑71 (MQ=255) gCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATAtt > 1:2417960/1‑57 (MQ=255) gCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTc > 1:1967248/1‑71 (MQ=255) gCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTc > 1:770843/1‑71 (MQ=255) ccAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCaaa > 1:2870369/1‑47 (MQ=255) ccAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGt < 1:3656447/49‑1 (MQ=255) cAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGc < 1:1773748/71‑1 (MQ=255) aGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGtata > 1:873085/1‑50 (MQ=255) aGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGtat > 1:219340/1‑49 (MQ=255) aGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGc < 1:2271241/70‑1 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCTGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGta > 1:3194635/1‑47 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTcaca < 1:2858829/37‑1 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGtt < 1:675315/56‑1 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCt > 1:2697444/1‑66 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTAACATTGAAAAGTATATTCGGt > 1:1072178/1‑55 (MQ=255) gCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGta > 1:775854/1‑47 (MQ=39) cAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGtt > 1:1600418/1‑71 (MQ=255) cAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGtt > 1:1605483/1‑71 (MQ=255) cAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGtt > 1:1746814/1‑71 (MQ=255) cAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGtt > 1:3448001/1‑71 (MQ=255) aaCGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGt > 1:1836608/1‑69 (MQ=255) aaCGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTg < 1:1065178/71‑1 (MQ=255) aCGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTgg < 1:898600/71‑1 (MQ=255) aCGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTgg < 1:1634313/71‑1 (MQ=255) aCGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTgg < 1:1154287/71‑1 (MQ=255) cGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta < 1:1750200/43‑1 (MQ=255) cGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta < 1:1754593/43‑1 (MQ=255) cTTCAATGCCTGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTg < 1:320199/67‑1 (MQ=255) ttCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGtt < 1:511995/49‑1 (MQ=255) ttCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGt < 1:1244676/69‑1 (MQ=255) cAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGt > 1:1847197/1‑70 (MQ=255) aaTGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg < 1:1202487/35‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg < 1:1219577/35‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAg < 1:2492459/35‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGTATATTc < 1:2930813/42‑1 (MQ=38) aaTGCCGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGTATATTc < 1:1395665/42‑1 (MQ=38) aaTGCCGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGTATATTc < 1:2514434/42‑1 (MQ=38) aaTGCCGGTTAACTGACTATATTCACATTGCAAAGTATATTc < 1:1408692/42‑1 (MQ=38) aTGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGtt < 1:2452662/69‑1 (MQ=255) aTGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGtt < 1:1615657/69‑1 (MQ=255) tGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:786207/1‑35 (MQ=255) tGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:3498253/1‑35 (MQ=255) tGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGta > 1:2728256/1‑35 (MQ=255) gCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGtt < 1:1196047/43‑1 (MQ=255) gCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAg > 1:1748448/1‑69 (MQ=255) gCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAg > 1:3198518/1‑69 (MQ=255) gCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAg > 1:2239282/1‑69 (MQ=255) gCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAg > 1:2534465/1‑69 (MQ=255) ccGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTaa > 1:1024454/1‑44 (MQ=255) ccGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTg > 1:2155727/1‑71 (MQ=255) ttAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTg < 1:2810782/55‑1 (MQ=255) tAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTa < 1:2207457/38‑1 (MQ=255) tAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTa < 1:2994146/38‑1 (MQ=255) tAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTa < 1:1129666/38‑1 (MQ=255) tAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGt < 1:708848/57‑1 (MQ=255) aaCTGATGATATTCACATTGAAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCtt > 1:1323123/1‑47 (MQ=255) aCTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTGGCGCAgc < 1:3651115/71‑1 (MQ=255) atgatgTTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGt > 1:2712684/1‑39 (MQ=255) gatATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTGGCTCAGCGCCTGa > 1:357189/1‑71 (MQ=255) gatATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTGGCGCAGCGCCTGa > 1:2436382/1‑71 (MQ=255) | GATAATCACTGTTGATAATTTTGCCGTCACACTGCCCCAGCAACGCTTCAATGCCGGTTAACTGATGATATTCACATTGCAAAGTATATTCGGTTAATGGCGTCTTGCGTTGGGTCGTTAGCTGGCGCAGCGCCTGA > W3110S.gb/3603688‑3603824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |