| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,101 | A→C | 92.8% | D12A (GAT→GCT) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,101 | 0 | A | C | 92.8% | 3705.3 / 119.4 | 1146 | D12A (GAT→GCT) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/44); new base C (582/479); total (623/523) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 1147 total aligned reads displayed.
AACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGT > W3110S.gb/236031‑236168 | cgcgtacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTa > 1:2919729‑M2/12‑71 (MQ=255) gtacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCg > 1:942166‑M2/9‑71 (MQ=255) tacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACcgc < 1:230581‑M2/64‑2 (MQ=255) tacaactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACcgc < 1:2999221‑M2/64‑2 (MQ=255) caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAccgca < 1:3168422‑M2/65‑3 (MQ=255) caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:2091876‑M2/6‑71 (MQ=255) caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:3473566‑M2/6‑71 (MQ=255) actCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCATATCCTTCTCGCTACCGCAac > 1:3661402‑M2/4‑70 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccac < 1:3596609/69‑1 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:89603/71‑1 (MQ=255) tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa > 1:3344091/1‑71 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa > 1:81827/1‑71 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa < 1:2565971/70‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCgca < 1:1727660/54‑3 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac > 1:3145149/1‑56 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAcc > 1:3302815/1‑49 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac > 1:1074229/1‑54 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa > 1:705049/1‑65 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1165635/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:304419/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:215106/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1933173/1‑67 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:2352219/1‑71 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTCCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2422201/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:105243/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:1417391/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2030724/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:1682772/71‑1 (MQ=255) gACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg > 1:3026960/1‑71 (MQ=255) gACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTg > 1:2816782/1‑71 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa < 1:3427724/62‑1 (MQ=255) gCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc < 1:228427/51‑1 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:3271836/1‑70 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg > 1:362330/1‑70 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:2703217/1‑71 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:633261/1‑71 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3778155/62‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa < 1:3800618/70‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:1501555/71‑1 (MQ=255) gAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc > 1:2881059/1‑70 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac > 1:1816722/1‑41 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3500985/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3191687/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1198499/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1858078/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3395399/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:574271/71‑1 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2669806/70‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:3239007/69‑1 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:2069660/46‑1 (MQ=39) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAg > 1:197960/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:497611/1‑69 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:1268967/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt > 1:2528544/1‑53 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:162166/1‑55 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:2853959/1‑55 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg > 1:1479914/1‑54 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg > 1:2049465/1‑54 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1454589/1‑68 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:452504/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:2553884/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:732890/1‑71 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCTGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:2387549/71‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAcc < 1:529278/45‑1 (MQ=38) ttACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:549568/1‑48 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2961155/1‑70 (MQ=255) tACACGCCAGATAGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa > 1:1120311/1‑42 (MQ=37) acacGGCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:1771415/1‑46 (MQ=38) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGa > 1:1376638/1‑40 (MQ=38) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1360713/1‑59 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3532968/1‑69 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:2597537/71‑1 (MQ=255) acGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACaa > 1:2186933/1‑69 (MQ=255) cGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:2477201/1‑65 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt < 1:3105864/70‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:401907/71‑1 (MQ=255) ccAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:2207219/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa > 1:1243685/1‑67 (MQ=255) aTCTTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:374055/38‑1 (MQ=25) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:863169/35‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:3856809/39‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3078329/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:1318556/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:3688026/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:2784885/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCCCACTATGa < 1:1007940/53‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:2251693/1‑53 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3722866/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:2118442/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:1582101/71‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:923019/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:773780/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:2751624/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:1891591/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:3557049/1‑48 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1541332/1‑48 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2624540/35‑1 (MQ=37) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcgc < 1:1030880/42‑1 (MQ=38) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:1183040/46‑1 (MQ=39) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:662262/1‑71 (MQ=255) | AACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGT > W3110S.gb/236031‑236168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |