| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,672,802 | A→G | 6.8% | A117A (GCA→GCG) | gpp → | guanosine pentaphosphatase/exopolyphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,672,802 | 0 | A | G | 6.8% | 155.9 / 2.8 | 59 | A117A (GCA→GCG) | gpp | guanosine pentaphosphatase/exopolyphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/34); new base G (2/2); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
ATTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGATATAGG > W3110S.gb/3672735‑3672870 | aTTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACg < 1:2229326/70‑1 (MQ=255)aTTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACg < 1:2250467/70‑1 (MQ=255)aTTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACg < 1:1710426/70‑1 (MQ=255)aTTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGt > 1:1977559/1‑71 (MQ=255) ttttATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGt < 1:1356890/70‑1 (MQ=255) tttATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCt > 1:26959/1‑71 (MQ=255) tttATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCt > 1:3488930/1‑71 (MQ=255) tttATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGAACGTCt > 1:1412197/1‑71 (MQ=255) ccAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTa < 1:2486820/70‑1 (MQ=255) aaaGCGCAGGAAATCCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCGCGTCTGATTTAt > 1:230081/1‑69 (MQ=255) aaaGCGCAGGAAATCCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCGCGTCTGATTTAt > 1:1936946/1‑69 (MQ=255) aaGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAg > 1:1957946/1‑71 (MQ=255) aaGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAg > 1:323050/1‑71 (MQ=255) gcgcAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAggg > 1:1673616/1‑71 (MQ=255) ggAAATTATCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTg < 1:1906290/71‑1 (MQ=255) gAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCa > 1:2233343/1‑48 (MQ=255) gAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCt < 1:2729188/53‑1 (MQ=255) gAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCt < 1:55549/53‑1 (MQ=255) gAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGc > 1:1899972/1‑71 (MQ=255) aaaTTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCt < 1:450731/71‑1 (MQ=255) aaTTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCt > 1:1602513/1‑70 (MQ=255) aTTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTa > 1:2666689/1‑56 (MQ=255) aTTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCg < 1:2453346/64‑1 (MQ=255) aTTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCg < 1:2359413/64‑1 (MQ=255) tctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTca > 1:1952632/1‑69 (MQ=255) ctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTAt > 1:179079/1‑54 (MQ=255) ctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTca > 1:2217322/1‑68 (MQ=255) ctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTca > 1:791295/1‑68 (MQ=255) ctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTca > 1:3635150/1‑68 (MQ=255) ctcGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCacac > 1:3430054/1‑71 (MQ=255) ggTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCAcaccac < 1:1919733/71‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCAcacc < 1:3709748/69‑1 (MQ=255) gTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCacac < 1:3563652/67‑1 (MQ=255) tCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTc < 1:3723922/38‑1 (MQ=255) tCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtggtg < 1:2177481/71‑1 (MQ=255) tCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtggtg < 1:3279062/71‑1 (MQ=255) tCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtggt < 1:1048912/70‑1 (MQ=255) tCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtggt < 1:3386235/70‑1 (MQ=255) cGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtggtgg < 1:1478719/70‑1 (MQ=255) cGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTggtggt < 1:981281/71‑1 (MQ=255) cAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGa < 1:718920/71‑1 (MQ=255) cAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGa < 1:1926530/71‑1 (MQ=255) gTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTAt < 1:2883122/36‑1 (MQ=255) gTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCa < 1:1531322/71‑1 (MQ=255) gTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCa < 1:556533/71‑1 (MQ=255) cAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGcc > 1:2045918/1‑71 (MQ=255) cAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGcc > 1:2005036/1‑71 (MQ=255) aGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGcc < 1:438226/70‑1 (MQ=255) aGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCt < 1:439456/71‑1 (MQ=255) gTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCTGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCtggtg > 1:482491/1‑71 (MQ=255) gTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCtggtg > 1:965075/1‑71 (MQ=255) gAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACtgg > 1:1929395/1‑47 (MQ=255) gagGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGa < 1:2468378/71‑1 (MQ=255) ggAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGata < 1:1505023/71‑1 (MQ=255) gAAGCGCGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGCGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGatat < 1:1757986/71‑1 (MQ=255) gAAGCGCGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGCGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGatat < 1:2824985/71‑1 (MQ=255) gAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGatat < 1:1753769/71‑1 (MQ=255) gAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGatat < 1:2563360/71‑1 (MQ=255) gCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGATATAgg < 1:2852579/71‑1 (MQ=255) cACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGATATAgg < 1:2325703/70‑1 (MQ=255) | ATTTTATTGCCAAAGCGCAGGAAATTCTCGGTTGTCCGGTACAGGTGATCAGCGGTGAAGAGGAAGCACGTCTGATTTATCAGGGCGTTGCTCACACCACTGGTGGTGCCGATCAGCGCCTGGTGGTGGATATAGG > W3110S.gb/3672735‑3672870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |