| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,714,841 | T→C | 8.6% | G70G (GGT→GGC) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,714,841 | 0 | T | C | 8.6% | 152.3 / 5.2 | 58 | G70G (GGT→GGC) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base C (2/3); total (28/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
TCTTCTCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGACAT > W3110S.gb/3714771‑3714909 | tcttctCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGgt > 1:1233360/1‑71 (MQ=255)tcttctCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGgt > 1:2287693/1‑71 (MQ=255) cttctCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGgt < 1:1131586/70‑1 (MQ=255) cttctCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGgt < 1:2307350/70‑1 (MQ=255) ggtggtGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGcc < 1:1031285/69‑1 (MQ=255) ggtggtGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGcc < 1:3586560/69‑1 (MQ=255) ggtggtGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGcc < 1:318974/69‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGcc < 1:2917819/68‑1 (MQ=255) gCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGt > 1:3515374/1‑71 (MQ=255) cTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCATGTAAGt < 1:494588/70‑1 (MQ=255) gggTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAg > 1:1867111/1‑67 (MQ=255) ggTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGttt < 1:3745806/69‑1 (MQ=255) ggTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGttt < 1:893106/69‑1 (MQ=255) gTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAg < 1:3075929/65‑1 (MQ=255) tCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGa < 1:3325057/71‑1 (MQ=255) tCTGGTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGa < 1:3758741/71‑1 (MQ=255) tgttgtTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGAcc > 1:1904505/1‑71 (MQ=255) ttgttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCa < 1:3020751/65‑1 (MQ=255) ttgttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACcgc < 1:311501/71‑1 (MQ=255) ttgttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACcgc > 1:2536482/1‑71 (MQ=255) ttgttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACcg > 1:2565215/1‑70 (MQ=255) tgttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACcgc > 1:2832195/1‑70 (MQ=255) ttCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGa < 1:2961884/70‑1 (MQ=255) tCCTGGTTTTATTCCGTAGTGTAGCCAAAAAGGCAACCAGCGGCGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGAtt > 1:1103397/1‑71 (MQ=255) tCCTGGTTTTATTCCGTAGTGTAGCCAAAAAGGCAACCAGCGGCGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGAtt > 1:2781343/1‑71 (MQ=255) gTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTaa > 1:517279/1‑50 (MQ=255) gTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCt > 1:1867051/1‑71 (MQ=255) gTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCt > 1:1195869/1‑71 (MQ=255) tttATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGgtg > 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1:3683349/71‑1 (MQ=255) tagcCAAAAAGGCAACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGtt < 1:1325563/71‑1 (MQ=255) agcCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGtt > 1:17150/1‑36 (MQ=255) gcCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCa > 1:1518631/1‑38 (MQ=255) aaaaGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGt < 1:3329260/71‑1 (MQ=255) aaGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAg > 1:2234399/1‑71 (MQ=255) aaGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAg > 1:2667970/1‑71 (MQ=255) aGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGc > 1:3216291/1‑71 (MQ=255) cGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTg < 1:3017766/71‑1 (MQ=255) gACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa < 1:3604835/71‑1 (MQ=255) aCCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa < 1:1583756/70‑1 (MQ=255) aCCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa < 1:1876347/70‑1 (MQ=255) ccAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa > 1:3272097/1‑69 (MQ=255) ccAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa > 1:3742706/1‑69 (MQ=255) ccAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGa > 1:76504/1‑69 (MQ=255) cAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAg < 1:1071129/71‑1 (MQ=255) cAGCGGCGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTg < 1:3756888/67‑1 (MQ=255) cAGCGGCGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTg < 1:3337296/67‑1 (MQ=255) cAGCGGCGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTg < 1:963357/67‑1 (MQ=255) gCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGtt < 1:3018241/53‑1 (MQ=255) gCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGa > 1:2453747/1‑70 (MQ=255) gCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGa > 1:2151741/1‑70 (MQ=255) cGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGACa > 1:1566285/1‑71 (MQ=255) ggTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGACAt > 1:260351/1‑71 (MQ=255) | TCTTCTCGGTGGTGCTGGGTCTGTTGTTCCTGGTTTTATTCCGTAGCGTAGCCAAAAAGGCGACCAGCGGTGTGCCAGGTAAGTTTCAGACCGCGATTGAGCTGGTGATCGGCTTTGTTAATGGTAGCGTGAAAGACAT > W3110S.gb/3714771‑3714909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |