| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,930,256 | T→A | 5.8% | A105A (GCT→GCA) | eptB → | predicted metal dependent hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,930,256 | 0 | T | A | 5.8% | 337.2 / 10.3 | 121 | A105A (GCT→GCA) | eptB | predicted metal dependent hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/46); new base A (5/2); total (73/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGCTCTTTTCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGTTAAT > W3110S.gb/3930186‑3930324 | tgCTCTTTTCCGCAGGTGCGAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCt < 1:2375023/71‑1 (MQ=255) gCTCTTTTCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCtt > 1:257846/1‑71 (MQ=255) ctTTTCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTcc > 1:2798779/1‑70 (MQ=255) ctTTTCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCg > 1:3828823/1‑71 (MQ=255) ttCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTc > 1:2160275/1‑66 (MQ=255) ttCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTc > 1:1352081/1‑66 (MQ=255) ttCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGt < 1:3703075/69‑1 (MQ=255) ttCCGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGt < 1:2510082/69‑1 (MQ=255) ccGCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCAt < 1:3026967/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGCCAGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGac < 1:3194148/71‑1 (MQ=255) aGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCa > 1:3846459/1‑58 (MQ=255) aGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCa > 1:172299/1‑58 (MQ=255) aGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGatat > 1:1133206/1‑71 (MQ=255) aGCTATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGatat < 1:4744/71‑1 (MQ=255) gCTATTACATGACCTTCCTTAATGTAGTCATTGGTTATGGCATCATCGCATCCGTCATGACCACCGATATc > 1:2265349/1‑71 (MQ=255) gCTATTACATGACCTTCCTTAATGTAGTCATTGGTTATGGCATCATCGCATCCGTCATGACCACCGATATc > 1:3211664/1‑71 (MQ=255) gCTATTACATGACCTTCCTTAATGTAGTCATTGGTTATGGCATCATCGCATCCGTCATGACCACCGATATc > 1:751667/1‑71 (MQ=255) gCTATTACATGACCTTCCTTAATGTAGTCATTGGTTATGGCATCATCGCATCCGTCATGACCACCGATATc > 1:1238980/1‑71 (MQ=255) gCTATTACATGACCTTCCTTAATGTAGTCATTGGTTATGGAATCATCGCATCCGTCATGACCACCGATATc > 1:1569390/1‑71 (MQ=255) tATTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGacca > 1:333357/1‑61 (MQ=255) aTTACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGAc > 1:2146616/1‑71 (MQ=255) ttACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCAt < 1:944248/54‑1 (MQ=255) ttACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGAc < 1:616320/70‑1 (MQ=255) tACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGa > 1:1562693/1‑55 (MQ=255) tACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGa > 1:3454022/1‑55 (MQ=255) tACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGa > 1:353805/1‑55 (MQ=255) tACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCt > 1:730035/1‑71 (MQ=255) tACATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCt > 1:577735/1‑71 (MQ=255) aCATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTcc > 1:799813/1‑47 (MQ=255) cATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTg < 1:1755642/70‑1 (MQ=255) cATGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGt > 1:1196514/1‑71 (MQ=255) tGACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTc > 1:330362/1‑70 (MQ=255) gACCTTCCTTAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTc > 1:1297803/1‑42 (MQ=255) tccttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaag > 1:2536865/1‑69 (MQ=255) tccttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGATTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaag > 1:2839728/1‑69 (MQ=255) ccttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGa > 1:1296033/1‑44 (MQ=255) ccttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGa > 1:2868676/1‑44 (MQ=255) ccttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaagaag > 1:3699549/1‑71 (MQ=255) ttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgt > 1:3285459/1‑70 (MQ=255) ttAATGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgt > 1:481557/1‑70 (MQ=255) aaTGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:1804092/70‑1 (MQ=255) aTGTGGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:3084936/69‑1 (MQ=255) tgtgGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGttgttg < 1:3525776/71‑1 (MQ=255) gtgGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTgg > 1:1537259/1‑71 (MQ=255) gtgGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTgg > 1:1774055/1‑71 (MQ=255) tgGTCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGt > 1:1053946/1‑71 (MQ=255) tCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGaccacc < 1:1160837/38‑1 (MQ=255) tCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGaccacc < 1:3712315/38‑1 (MQ=255) tCATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTg < 1:2167750/71‑1 (MQ=255) cATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTg > 1:246017/1‑70 (MQ=255) cATTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTg > 1:587345/1‑70 (MQ=255) aTTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaag < 1:3503594/55‑1 (MQ=255) aTTGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGaa > 1:2229181/1‑71 (MQ=255) ttGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttgt < 1:2837206/61‑1 (MQ=255) ttGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:2699042/60‑1 (MQ=255) ttGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:2919715/60‑1 (MQ=255) ttGGTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:2484455/60‑1 (MQ=255) ggTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGata > 1:62067/1‑37 (MQ=255) ggTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACtt > 1:3123923/1‑71 (MQ=255) ggTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACtt > 1:1430817/1‑71 (MQ=255) ggTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACtt > 1:2326320/1‑71 (MQ=255) gTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACtt < 1:722373/70‑1 (MQ=255) gTTATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGCTCTGAACttt < 1:913320/71‑1 (MQ=255) ttATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa < 1:3405137/71‑1 (MQ=255) ttATGGCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa < 1:2873289/71‑1 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGttgttg > 1:219045/1‑54 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATtctc < 1:1404372/71‑1 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATtctc > 1:1139972/1‑71 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATtct < 1:1181402/70‑1 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATtct < 1:506242/70‑1 (MQ=255) gCATCATCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATtct < 1:1176825/70‑1 (MQ=255) catcctCGCTTCCGTCATGCCCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGt > 1:1587241/1‑55 (MQ=255) catcatCGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACtt < 1:2968744/63‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGAGCTGTCAAAAGAAgt < 1:1921388/46‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttgt < 1:1868716/49‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgttg < 1:1721895/48‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAgt < 1:487005/46‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa > 1:944319/1‑63 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa > 1:131743/1‑63 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTAtt < 1:1956816/65‑1 (MQ=255) tcatcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTgg > 1:700201/1‑71 (MQ=255) catcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGt > 1:203327/1‑71 (MQ=255) catcGCTTACGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGt > 1:2969294/1‑71 (MQ=255) atcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaagaa > 1:2359778/1‑42 (MQ=255) atcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGttgttg < 1:3116323/49‑1 (MQ=255) atcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa > 1:3185542/1‑61 (MQ=255) atcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTa > 1:3189749/1‑61 (MQ=255) atcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGt > 1:2943031/1‑70 (MQ=255) atcGCATCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGtt < 1:1363412/71‑1 (MQ=255) atcGCATCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGtt < 1:89728/71‑1 (MQ=255) tcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGTTa < 1:749152/71‑1 (MQ=255) tcGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGTTGTTGGTCTGAACTTTATTCTCTGGTTa < 1:2564502/71‑1 (MQ=255) cGCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAaagaag < 1:706018/41‑1 (MQ=255) gCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGttgttg > 1:756758/1‑46 (MQ=255) gCTTCCGTCATGACCACCGATATCGACCTGTCAAAAGAAGttgttg > 1:115065/1‑46 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |