| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,080,432 | T→C | 8.5% | D207D (GAT→GAC) | glpR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,080,432 | 0 | T | C | 8.5% | 215.2 / 9.6 | 82 | D207D (GAT→GAC) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/41); new base C (5/2); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
TCGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACC > W3110S.gb/4080362‑4080501 | tCGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:1157327/1‑71 (MQ=255) cGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:2479848/1‑70 (MQ=255) cGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:569561/1‑70 (MQ=255) cGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:278205/1‑70 (MQ=255) cGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:3234757/1‑70 (MQ=255) gATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATc < 1:2291553/70‑1 (MQ=255) cACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTcaa > 1:744713/1‑68 (MQ=255) cACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTcaa > 1:2506532/1‑68 (MQ=255) gAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAAtt < 1:755867/71‑1 (MQ=255) aaGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAAttt > 1:1365511/1‑71 (MQ=255) gCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt < 1:1182386/71‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCa < 1:1527104/50‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCa < 1:3657041/50‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCa < 1:1728455/50‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:3465633/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:3173834/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc < 1:1632713/71‑1 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:1806766/71‑1 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:199203/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:1032524/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:1049252/1‑70 (MQ=255) cgcgCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAAt < 1:2256761/71‑1 (MQ=38) cgcgCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAAt < 1:332136/71‑1 (MQ=38) cATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTc > 1:2182129/1‑70 (MQ=255) attattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCaa < 1:523442/71‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt < 1:2046856/38‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt < 1:3151277/38‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt < 1:341350/38‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTg < 1:3707460/51‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAat < 1:961065/71‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTAGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt < 1:1593894/38‑1 (MQ=255) tattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGAt > 1:2605036/1‑37 (MQ=255) attGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCa > 1:3101564/1‑38 (MQ=255) attGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTc > 1:3719272/1‑66 (MQ=255) attGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAatat > 1:3491836/1‑71 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:2682120/44‑1 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:215970/44‑1 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:3360155/44‑1 (MQ=255) gagaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:2097693/42‑1 (MQ=255) agaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATggg < 1:53472/70‑1 (MQ=255) aaCTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAat < 1:2149949/63‑1 (MQ=255) cTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAATTTTg < 1:3680402/41‑1 (MQ=255) cTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGa > 1:1951194/1‑53 (MQ=255) tCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCaa > 1:2076936/1‑59 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:1826052/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:3551047/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:953221/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata > 1:2803816/1‑60 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2042738/1‑70 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2778800/1‑70 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATAACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:1577774/1‑70 (MQ=255) gcgcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2212447/1‑69 (MQ=255) cgcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:2819758/71‑1 (MQ=255) gcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag > 1:3229716/1‑70 (MQ=255) cGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGTCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg < 1:1346656/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata < 1:1605821/51‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata < 1:2448146/51‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcat < 1:1933446/64‑2 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:1792963/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:12512/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:2341648/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:475265/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:470747/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGGTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:306471/71‑1 (MQ=255) tATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:190684/70‑1 (MQ=255) aTGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg > 1:45713/1‑67 (MQ=255) aTGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg > 1:2643268/1‑67 (MQ=255) gCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGAGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:3650015/60‑1 (MQ=255) tGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:2041585/35‑1 (MQ=255) tGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:1305118/35‑1 (MQ=255) ggTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCg > 1:2531192/1‑71 (MQ=255) ttGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGgcagca < 1:3385675/51‑1 (MQ=255) ttGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGgcagca < 1:1726367/51‑1 (MQ=255) ttGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc > 1:2639382/1‑71 (MQ=255) ttGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc > 1:2596925/1‑71 (MQ=255) ttGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc < 1:1994186/71‑1 (MQ=255) tGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGtagcatcagcat > 1:1995795/1‑57 (MQ=255) tGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGtagcatcagcat > 1:1514206/1‑57 (MQ=255) tGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAATGGTCAATATGGGtagcatcagcat > 1:2777158/1‑57 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata > 1:357783/1‑40 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa > 1:3302244/1‑60 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa > 1:1787557/1‑60 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:2409305/1‑62 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:1859399/1‑62 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:869334/1‑62 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:881355/59‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAg > 1:259925/1‑60 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:2562805/1‑61 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTac < 1:3368839/71‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTac < 1:1819831/71‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTa < 1:3119924/70‑1 (MQ=255) aTCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACAcc < 1:1320844/71‑1 (MQ=255) | TCGATTACCACGAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACC > W3110S.gb/4080362‑4080501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |