| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,080,438 | G→A | 5.9% | S209S (TCG→TCA) | glpR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,080,438 | 0 | G | A | 5.9% | 259.6 / 3.9 | 84 | S209S (TCG→TCA) | glpR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/44); new base A (3/2); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
GAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGCCC > W3110S.gb/4080373‑4080508 | gAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAAtt < 1:755867/71‑1 (MQ=255) aaGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAAttt > 1:1365511/1‑71 (MQ=255) gCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGt < 1:1182386/71‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:3173834/1‑71 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc < 1:1632713/71‑1 (MQ=255) aaaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:3465633/1‑71 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:1806766/71‑1 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:199203/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:1049252/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgc > 1:1032524/1‑70 (MQ=255) cgcgCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAAt < 1:332136/71‑1 (MQ=38) cgcgCCATCATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGACCACTCAAAATTTGGCCGTAACGCAAt < 1:2256761/71‑1 (MQ=38) cATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTc > 1:2182129/1‑70 (MQ=255) attattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCaa < 1:523442/71‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTg < 1:3707460/51‑1 (MQ=255) ttattGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAat < 1:961065/71‑1 (MQ=255) attGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTc > 1:3719272/1‑66 (MQ=255) attGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAatat > 1:3491836/1‑71 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:215970/44‑1 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:3360155/44‑1 (MQ=255) ttGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:2682120/44‑1 (MQ=255) gagaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGaaa < 1:2097693/42‑1 (MQ=255) agaACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATggg < 1:53472/70‑1 (MQ=255) aaCTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAat < 1:2149949/63‑1 (MQ=255) cTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAATTTTg < 1:3680402/41‑1 (MQ=255) cTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGa > 1:1951194/1‑53 (MQ=255) tCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCaa > 1:2076936/1‑59 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:1826052/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:3551047/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTaa > 1:953221/1‑46 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata > 1:2803816/1‑60 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2778800/1‑70 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2042738/1‑70 (MQ=255) cgcgCCACGTTATGCTGGTTGTCGATAACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:1577774/1‑70 (MQ=255) gcgcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcat > 1:2212447/1‑69 (MQ=255) cgcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:2819758/71‑1 (MQ=255) gcCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag > 1:3229716/1‑70 (MQ=255) cGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGTCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg < 1:1346656/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata < 1:2448146/51‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAata < 1:1605821/51‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcat < 1:1933446/64‑2 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:2341648/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:12512/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:1792963/64‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:475265/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:470747/71‑1 (MQ=255) ttATGCTGGGTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:306471/71‑1 (MQ=255) tATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:190684/70‑1 (MQ=255) aTGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg > 1:45713/1‑67 (MQ=255) aTGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg > 1:2643268/1‑67 (MQ=255) gCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGAGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:3650015/60‑1 (MQ=255) tGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:2041585/35‑1 (MQ=255) tGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAAcgcg < 1:1305118/35‑1 (MQ=255) 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gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa > 1:3302244/1‑60 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:869334/1‑62 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:1859399/1‑62 (MQ=255) gTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:2409305/1‑62 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:881355/59‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAg > 1:259925/1‑60 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGa > 1:2562805/1‑61 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTac < 1:1819831/71‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTac < 1:3368839/71‑1 (MQ=255) tCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTa < 1:3119924/70‑1 (MQ=255) aTCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACAcc < 1:1320844/71‑1 (MQ=255) cTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc < 1:2984161/61‑1 (MQ=255) cTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc < 1:1953566/61‑1 (MQ=255) cTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTc < 1:1729965/61‑1 (MQ=255) tCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTTAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:946207/51‑1 (MQ=255) tCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcag < 1:1009051/44‑1 (MQ=255) tCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:2519491/51‑1 (MQ=255) tCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:1552687/51‑1 (MQ=255) tCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGc > 1:1436559/1‑71 (MQ=255) cGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatc > 1:173280/1‑41 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATTGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGCTa < 1:1775403/49‑1 (MQ=38) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGgca > 1:931199/1‑35 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGgca > 1:558945/1‑35 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGcagcatcagcattg > 1:1090942/1‑45 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATgg > 1:517201/1‑47 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:3431413/49‑1 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTa < 1:1986197/49‑1 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTaca > 1:2779161/1‑62 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGCCGccc > 1:1355083/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGccc > 1:1797234/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGccc > 1:2350724/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGccc > 1:951533/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGccc > 1:391586/1‑71 (MQ=255) gAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGccc > 1:997143/1‑71 (MQ=255) | GAAGTTCGCACCAAACGCGCCATTATTGAGAACTCGCGCCACGTTATGCTGGTTGTCGATCACTCGAAATTTGGCCGTAACGCGATGGTCAATATGGGCAGCATCAGCATGGTAGATGCCGTCTACACCGACGCCC > W3110S.gb/4080373‑4080508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |