| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,317,099 | A→C | 9.5% | V191V (GTT→GTG) | rpiR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,317,099 | 0 | A | C | 9.5% | 166.9 / 14.2 | 74 | V191V (GTT→GTG) | rpiR | DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/33); new base C (4/3); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
GCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAGGCCTGACAGCGTA > W3110S.gb/4317040‑4317169 | gCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCtccttc > 1:1174718/1‑71 (MQ=255) gaGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCtccttcct > 1:1477508/2‑71 (MQ=255) aGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACAt > 1:1194193/1‑61 (MQ=255) cTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCacaa > 1:2086108/1‑54 (MQ=255) cTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTaa > 1:692900/1‑70 (MQ=255) gCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGa < 1:2064225/71‑1 (MQ=255) cGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAg > 1:2582803/1‑71 (MQ=255) gCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGt > 1:2796514/1‑60 (MQ=255) tttACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGa > 1:3331759/1‑71 (MQ=255) ttACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCgg < 1:2945111/69‑1 (MQ=255) ttACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCgg < 1:3861286/69‑1 (MQ=255) ttACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGa < 1:2937007/70‑1 (MQ=255) ttACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGa > 1:1722840/1‑70 (MQ=255) tACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACAtct < 1:3766273/46‑1 (MQ=255) aCATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcat > 1:2364003/1‑71 (MQ=255) aTCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatca > 1:2689159/1‑71 (MQ=255) aTCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatca > 1:3731712/1‑71 (MQ=255) aTCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatca > 1:3153678/1‑71 (MQ=255) cACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcat > 1:1205942/1‑70 (MQ=255) aCTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCtcctt > 1:3058551/1‑44 (MQ=255) aCTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCtcctt > 1:1792725/1‑44 (MQ=255) cTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatcat < 1:3448878/71‑1 (MQ=255) ttCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCatgatg < 1:3157732/71‑1 (MQ=255) tCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAc > 1:3097423/1‑58 (MQ=255) cGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGAtgt < 1:3802810/70‑1 (MQ=255) cGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGAtgt < 1:1889645/70‑1 (MQ=255) cGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGAtgt < 1:1686054/70‑1 (MQ=255) cGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGAtgt < 1:151240/70‑1 (MQ=255) cccGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAg < 1:106659/71‑1 (MQ=255) ggAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCAt > 1:3209109/1‑71 (MQ=255) gAATCGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGTAGCGGACATCATCATGATGTGAGCAt > 1:2685306/1‑70 (MQ=255) aaTGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCAt > 1:284903/1‑69 (MQ=255) aTGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg < 1:3289777/71‑1 (MQ=255) tGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg > 1:165313/1‑70 (MQ=255) tGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg < 1:758037/70‑1 (MQ=255) tGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg < 1:881300/70‑1 (MQ=255) tGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg < 1:1179991/70‑1 (MQ=255) tGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAg < 1:2653277/70‑1 (MQ=255) ggTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGa > 1:16518/1‑70 (MQ=255) ggTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGa < 1:3837944/70‑1 (MQ=255) gTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATa < 1:725750/71‑1 (MQ=255) gTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATa < 1:3601092/71‑1 (MQ=255) gTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATa < 1:1601256/71‑1 (MQ=255) gTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCAGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATa < 1:2565139/71‑1 (MQ=255) caccacCAGCACCACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCAGACATCATCATGATGTGAGCGTCCGGa > 1:2782745/1‑67 (MQ=255) caccacCAGCACCACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCAGACATCATCATGATGTGAGCGTCCGGAt > 1:2501979/1‑68 (MQ=255) caccacCAGCACCACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCAGACATCATCATGATGTGAGCGTCCGGAt > 1:1437099/1‑68 (MQ=255) caccacCAGCACCACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCAGACATCATCATGATGTGAGCGTCCGGAt > 1:1662639/1‑68 (MQ=255) aCTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGa < 1:2066150/35‑1 (MQ=255) aCTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAg > 1:2696269/1‑58 (MQ=255) cTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCatgatg < 1:589120/53‑1 (MQ=255) cTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCatgatg < 1:2280622/53‑1 (MQ=255) cTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAg < 1:752367/57‑1 (MQ=255) tACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatcat < 1:983815/48‑1 (MQ=255) tACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatcat < 1:1160689/48‑1 (MQ=255) tACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatcat < 1:1415727/48‑1 (MQ=255) tACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatcat < 1:3028509/48‑1 (MQ=255) tACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGAcatcatca > 1:2168639/1‑47 (MQ=255) aCCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGc > 1:2140592/1‑56 (MQ=255) aCCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCa > 1:173250/1‑57 (MQ=255) aCCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAg > 1:519858/1‑66 (MQ=255) aCCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAg > 1:2077292/1‑66 (MQ=255) aCCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACACCATCATGATGTGAGCATCAGGATAg > 1:898095/1‑66 (MQ=255) 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caacaTCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGa < 1:1044577/56‑1 (MQ=255) aacaTTTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAGGCCTGACAGCGTa < 1:712511/71‑1 (MQ=255) aacaTTTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAGGCCTGACAGCGTa < 1:1156811/71‑1 (MQ=255) | GCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATCATGATGTGAGCATCAGGATAGGCCTGACAGCGTA > W3110S.gb/4317040‑4317169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |