| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 393,537 | T→C | 11.6% | F433F (TTT→TTC) | yaiU → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 393,537 | 0 | T | C | 11.6% | 107.4 / 5.9 | 43 | F433F (TTT→TTC) | yaiU | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/26); new base C (3/2); total (15/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
GAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACT > W3110S.gb/393471‑393607 | gAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCt > 1:2914333/1‑71 (MQ=255) aTTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAg < 1:1199003/71‑1 (MQ=255) aTTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAg < 1:1430449/71‑1 (MQ=255) aTTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAg < 1:2802310/71‑1 (MQ=255) aTTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAg < 1:1886608/71‑1 (MQ=255) cATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACt < 1:428744/71‑1 (MQ=255) tCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTc < 1:826960/71‑1 (MQ=255) gATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCt > 1:1103146/1‑55 (MQ=255) gATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCt > 1:1317496/1‑55 (MQ=255) gATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACt < 1:160955/67‑1 (MQ=255) aCGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGcc < 1:1784587/71‑1 (MQ=255) cTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAAc < 1:3123742/56‑1 (MQ=255) tGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCtt < 1:3059821/45‑1 (MQ=255) tGAAGGGTCTGCGGTACCTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATAcc < 1:2378764/70‑1 (MQ=255) gAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCta > 1:182352/1‑65 (MQ=255) gAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGa > 1:962880/1‑71 (MQ=255) aaGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCg < 1:2239103/69‑1 (MQ=255) gggTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGc > 1:151467/1‑71 (MQ=255) gggTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTCAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGc > 1:3370327/1‑71 (MQ=255) gggTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTCAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGc > 1:2752851/1‑71 (MQ=255) gggTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTCAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGc > 1:3101598/1‑71 (MQ=255) tCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGcc < 1:1843167/57‑1 (MQ=255) tGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCt < 1:3169046/67‑1 (MQ=255) gTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCCAACTACCt > 1:2181833/1‑71 (MQ=255) ttGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCggtgg < 1:3491441/70‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCggt < 1:3276379/68‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGGTACTCAGTTCAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCggtggt < 1:2856443/71‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGGTACTCAGTTCAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCggtggt < 1:1207583/71‑1 (MQ=255) ggTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCt > 1:641604/1‑62 (MQ=255) tCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGcc < 1:334112/40‑1 (MQ=255) tCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGcc < 1:3224681/40‑1 (MQ=255) cTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGcc < 1:1570583/39‑1 (MQ=255) ggTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACg < 1:2530273/70‑1 (MQ=255) tCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCt < 1:1514208/43‑1 (MQ=255) tCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCt < 1:789806/43‑1 (MQ=255) tCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTa < 1:3659449/67‑1 (MQ=255) cAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGa > 1:2650268/1‑38 (MQ=255) cAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGa > 1:473179/1‑38 (MQ=255) aGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTaa > 1:2147848/1‑43 (MQ=255) aGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATc > 1:1549993/1‑69 (MQ=255) aGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCaa < 1:3180561/71‑1 (MQ=255) aGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCaa < 1:2778426/71‑1 (MQ=255) gTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCCGTGGTGGTGACGTAGATCaa < 1:1075247/70‑1 (MQ=255) ttAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGAc > 1:1705609/1‑71 (MQ=255) ttAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGAc > 1:550804/1‑71 (MQ=255) tAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACt > 1:3134947/1‑71 (MQ=255) | GAACGGCGATTCCATCGATAACGGTACTGAAGGGTCTGCGGTACGTGTTGGTCTGGGTACTCAGTTTAGCTTCACCAAGAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACT > W3110S.gb/393471‑393607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |