| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,436,156 | A→G | 6.6% | I170I (ATT→ATC) | ytfE ← | predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,436,156 | 0 | A | G | 6.6% | 162.1 / 2.6 | 60 | I170I (ATT→ATC) | ytfE | predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/37); new base G (2/2); total (21/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
CCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGCCCCATTGCCTGG > W3110S.gb/4436088‑4436225 | ccGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAAt < 1:718038/71‑1 (MQ=255) cGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATc < 1:92025/71‑1 (MQ=255) cGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATc < 1:857256/71‑1 (MQ=255) cGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATc < 1:3167175/71‑1 (MQ=255) ttATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAAt < 1:1157344/68‑1 (MQ=255) ataCATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACtt > 1:3686890/1‑71 (MQ=255) taCATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTc < 1:212814/71‑1 (MQ=255) tCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTc < 1:2716318/67‑1 (MQ=255) tCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTc < 1:1692345/67‑1 (MQ=255) tCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCca < 1:2625934/69‑1 (MQ=255) cGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCAc > 1:608079/1‑63 (MQ=255) cGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcag > 1:3065958/1‑69 (MQ=255) gCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcagcag < 1:1033874/71‑1 (MQ=255) cTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGt < 1:3171746/71‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGcc < 1:1115924/71‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGcc < 1:1764765/71‑1 (MQ=255) ggtggtGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGccc < 1:1693935/70‑1 (MQ=255) gtgCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCtt < 1:1327572/70‑1 (MQ=255) aGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCg < 1:2748545/71‑1 (MQ=255) gCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCtt < 1:2632345/64‑1 (MQ=255) cTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGc < 1:715653/71‑1 (MQ=255) cTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGc > 1:2641624/1‑71 (MQ=255) cTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTATGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGc > 1:185822/1‑71 (MQ=255) ttCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCa > 1:797329/1‑41 (MQ=255) ttCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcagc < 1:2108502/49‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTc < 1:2241512/70‑1 (MQ=255) cggcggTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTGATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCttt > 1:1306271/1‑71 (MQ=255) cggcggTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTGATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCttt > 1:2886604/1‑71 (MQ=255) ggcggTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTc < 1:1485141/71‑1 (MQ=255) ggcggTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTc < 1:2183963/71‑1 (MQ=255) gcggTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTc > 1:517206/1‑70 (MQ=255) gtgtGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcagcag < 1:1023846/40‑1 (MQ=255) gtgtGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcagcag < 1:1465572/40‑1 (MQ=255) tgACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCcagcag < 1:738324/37‑1 (MQ=255) tgACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCttt < 1:2719324/63‑1 (MQ=255) aCGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTc > 1:1854352/1‑47 (MQ=255) cGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTg < 1:1618363/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGTGTGTTTGATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGa < 1:3694620/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGTGTGTTTGATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGa < 1:1890576/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGa < 1:792454/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGa < 1:195364/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGa < 1:87242/71‑1 (MQ=255) gTTATTGGGGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGGtt < 1:1429336/44‑1 (MQ=38) ttATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCtt < 1:2143599/43‑1 (MQ=255) tATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCtt < 1:3327647/42‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGc > 1:819841/1‑35 (MQ=255) aTTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTg > 1:2885626/1‑71 (MQ=255) aTTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTg > 1:1711045/1‑71 (MQ=255) aTTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTg > 1:1244139/1‑71 (MQ=255) aTTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTg > 1:1727006/1‑71 (MQ=255) ggtggtGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCTCTTTCCATTACGCTGATTGGcc > 1:911747/1‑71 (MQ=255) ggtggtGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGcc > 1:3398369/1‑71 (MQ=255) gtgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCtt < 1:221362/46‑1 (MQ=255) gtgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCtt < 1:3811037/46‑1 (MQ=255) tgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTcc > 1:1758480/1‑48 (MQ=255) tgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTcc > 1:1621869/1‑48 (MQ=255) tgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGCCCCATTGc < 1:1380702/71‑1 (MQ=255) tgtTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCC‑CTTCATCGTGCTCGCTTTcc > 1:2149193/1‑47 (MQ=38) tttAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGCCCCATTGcc < 1:397945/70‑1 (MQ=255) tAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGCCCCATTGCCTgg > 1:1219411/1‑71 (MQ=255) | CCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCGGTGTGACGTTATTGGTGGTGTGTTTAATCACTTCCAGCAGTTCGCCCGCTTCATCGTGCTCGCTTTCCATTACGCTGATTGGCCCCATTGCCTGG > W3110S.gb/4436088‑4436225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |