| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,539,890 | T→C | 5.6% | M65T (ATG→ACG) | yjhR → | predicted frameshift suppressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,539,890 | 0 | T | C | 5.6% | 296.5 / 6.3 | 107 | M65T (ATG→ACG) | yjhR | predicted frameshift suppressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/50); new base C (4/2); total (55/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACGGGGAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCACT > W3110S.gb/4539821‑4539958 | aCGGGGAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATg > 1:3543146/1‑71 (MQ=255)aCGGGGAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATg > 1:681282/1‑71 (MQ=255) cGGGGAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATg < 1:336496/70‑1 (MQ=255) ggAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCAt > 1:3672650/1‑71 (MQ=255) aaCCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTg < 1:1186873/71‑1 (MQ=255) ccACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCg > 1:1512746/1‑71 (MQ=255) aCTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGt > 1:3857010/1‑70 (MQ=255) aCTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGt > 1:2759181/1‑70 (MQ=255) aCTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGt > 1:1737739/1‑70 (MQ=255) gTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGc > 1:3645046/1‑71 (MQ=255) tACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCAt > 1:2385584/1‑61 (MQ=255) tACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCAt > 1:644277/1‑61 (MQ=255) tACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGc < 1:3056626/70‑1 (MQ=255) cAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTg > 1:3374010/1‑70 (MQ=255) aaaGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAAt > 1:2651943/1‑53 (MQ=255) aaaGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa < 1:1716930/71‑1 (MQ=255) aaaGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa < 1:3054000/71‑1 (MQ=255) aaaGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa < 1:1173212/71‑1 (MQ=255) gttgttGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCa > 1:87865/1‑54 (MQ=255) gttgttGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAAt < 1:2172378/71‑1 (MQ=255) ttgGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAAt < 1:2870692/46‑1 (MQ=255) ttgGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTaa < 1:3385889/70‑1 (MQ=255) ttgGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAAt < 1:1531054/71‑1 (MQ=255) tgGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATg > 1:1160102/1‑71 (MQ=255) ggTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATgg > 1:1652184/1‑71 (MQ=255) ggTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATgg > 1:2650199/1‑71 (MQ=255) ggTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAACGTCATTGCGTAAGCTGGAAAt > 1:3369342/1‑65 (MQ=255) tgttgtGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGc < 1:3623358/70‑1 (MQ=255) tgttgtGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCa < 1:1546604/71‑1 (MQ=255) tgttgtGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCa < 1:1746887/71‑1 (MQ=255) ttgtGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAATATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCaa < 1:3138259/70‑1 (MQ=255) gtgACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCAt > 1:3565596/1‑43 (MQ=255) gtgACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGa > 1:2398458/1‑71 (MQ=255) gtgACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGa > 1:1445767/1‑71 (MQ=255) tgACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGAc < 1:3614495/71‑1 (MQ=255) tgACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGAc < 1:1774001/71‑1 (MQ=255) aCGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACg < 1:3627795/70‑1 (MQ=255) aCGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACg < 1:1601584/70‑1 (MQ=255) aCGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACg < 1:880972/70‑1 (MQ=255) aCGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAACGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGa < 1:1886284/71‑1 (MQ=255) aCGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAACGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGa < 1:872541/71‑1 (MQ=255) ccATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa < 1:2513460/50‑1 (MQ=255) ccATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAAtt < 1:1875164/54‑1 (MQ=255) cATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAg > 1:1873358/1‑68 (MQ=255) tttCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATAGCGTAAGCTGCAAATTAATGGCAAAGACGAGCAggg > 1:3259461/1‑70 (MQ=255) tttCGGCGCAGGTTAATGCTAT‑AAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:1452903/1‑71 (MQ=255) tttCGGAGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa > 1:1727890/1‑46 (MQ=255) ttCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:60079/1‑71 (MQ=255) ttCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:444405/1‑71 (MQ=255) ttCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAACGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:945205/1‑71 (MQ=255) ttCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAACGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:2375497/1‑71 (MQ=255) tCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt < 1:2823593/70‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTa < 1:1432945/70‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTAc > 1:822001/1‑71 (MQ=255) gcgcAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACt < 1:2192282/71‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACt < 1:1997585/71‑1 (MQ=255) gcAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGa < 1:1954030/71‑1 (MQ=255) cAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGAc < 1:3829123/71‑1 (MQ=255) aGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCa > 1:3389082/1‑58 (MQ=255) aGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGa > 1:2887694/1‑69 (MQ=255) ggTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAg < 1:2557846/71‑1 (MQ=255) gcttAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt < 1:3090514/60‑1 (MQ=255) gTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGa < 1:1921988/35‑1 (MQ=255) gTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAg < 1:3603391/54‑1 (MQ=255) gTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt < 1:3421472/61‑1 (MQ=255) gTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGt < 1:2220025/71‑1 (MQ=255) gTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGt < 1:3370552/71‑1 (MQ=255) ttAATGCTATGAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCa < 1:775866/45‑1 (MQ=255) tAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTaa > 1:1810198/1‑39 (MQ=255) tAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCa > 1:1727754/1‑54 (MQ=255) tAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTgg > 1:2567676/1‑71 (MQ=255) tAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTgg > 1:1686077/1‑71 (MQ=255) tAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTgg > 1:2046373/1‑71 (MQ=255) aaTGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTggg > 1:1433578/1‑71 (MQ=255) aTGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTgggg < 1:1665332/71‑1 (MQ=255) tGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTa < 1:2089582/35‑1 (MQ=255) tGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGa < 1:2644800/62‑1 (MQ=255) tGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGATGGAAATTa < 1:3154418/35‑1 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAAt > 1:1088903/1‑35 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAg > 1:2577637/1‑63 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGAc < 1:2516823/70‑1 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGAc < 1:2721909/70‑1 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACt > 1:2590771/1‑71 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACt < 1:1132832/71‑1 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACt > 1:2123829/1‑71 (MQ=255) cTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACt < 1:3693215/71‑1 (MQ=255) tATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAgg < 1:1414670/50‑1 (MQ=255) aTCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACa > 1:2935859/1‑60 (MQ=255) aTCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACtgt > 1:3757737/1‑71 (MQ=255) aTCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACtgt > 1:3292704/1‑71 (MQ=255) tCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCaa < 1:1324719/37‑1 (MQ=255) tCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTgggg < 1:3627395/65‑1 (MQ=255) tCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACtgtg < 1:3312660/71‑1 (MQ=255) cAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACtgt > 1:3135343/1‑69 (MQ=255) aaaaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:490790/1‑49 (MQ=255) aaaaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGtt > 1:3241490/1‑49 (MQ=255) aaaaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCa > 1:2570987/1‑71 (MQ=255) aaaaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCa > 1:2357592/1‑71 (MQ=255) aaaaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCa > 1:1246773/1‑71 (MQ=255) aaTGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCACt > 1:1762585/1‑71 (MQ=255) | ACGGGGAACCACTGTACAAAGTTGTTGGTGTTGTGACGCCATTTTCGGCGCAGGTTAATGCTATCAAAATGTCATTGCGTAAGCTGGAAATTAATGGCAAAGACGAGCAGGGTTTACTGACAGTGGGGACTGTGCACT > W3110S.gb/4539821‑4539958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |