| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 436,226 | G→A | 15.7% | V138V (GTG→GTA) | pgpA → | phosphatidylglycerophosphatase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 436,226 | 0 | G | A | 15.7% | 119.4 / 13.1 | 51 | V138V (GTG→GTA) | pgpA | phosphatidylglycerophosphatase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/24); new base A (6/2); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
CCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATC > W3110S.gb/436156‑436286 | ccgGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAAtgtg < 1:155620/71‑1 (MQ=255) gggTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCa < 1:1108777/71‑1 (MQ=255) tgtgATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATggcg > 1:3716057/1‑71 (MQ=255) tgATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGc < 1:532882/63‑1 (MQ=255) tgATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATggcgt < 1:1896171/70‑2 (MQ=255) tCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATggg < 1:2928992/70‑1 (MQ=255) gTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGAt > 1:2419866/1‑70 (MQ=255) ttCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCAt > 1:348783/1‑70 (MQ=255) ttCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCAt > 1:2843943/1‑70 (MQ=255) cTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGAt > 1:152723/1‑71 (MQ=255) cTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGAt > 1:3423762/1‑71 (MQ=255) tGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCG‑AATGTGCATGGCGGCa > 1:1450178/1‑56 (MQ=255) atatGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgac < 1:1552887/71‑1 (MQ=255) tgtgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:2441151/70‑1 (MQ=255) tgtgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:1260081/70‑1 (MQ=255) tgtgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGat < 1:3323104/71‑1 (MQ=255) gtgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:3034693/69‑1 (MQ=255) tgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATg < 1:1871601/43‑1 (MQ=255) tgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATg < 1:618837/43‑1 (MQ=255) tgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGatat > 1:2359885/1‑71 (MQ=255) tgGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGatat > 1:173031/1‑71 (MQ=255) gAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCa > 1:501805/1‑39 (MQ=255) gAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATAtt < 1:3156763/70‑1 (MQ=255) gAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATAtt < 1:2151609/70‑1 (MQ=255) ccGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGc > 1:1616094/1‑71 (MQ=255) cGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCa > 1:2607224/1‑51 (MQ=255) cGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCAt > 1:9576/1‑52 (MQ=255) ccgctccgctGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGt > 1:1576412/1‑71 (MQ=255) ccGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGt > 1:690136/1‑71 (MQ=255) ccGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGt > 1:293759/1‑71 (MQ=255) gATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:2645513/54‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:1874970/54‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATcgacga < 1:3783038/54‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGa > 1:3517142/1‑71 (MQ=255) aTCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCgg < 1:1252554/65‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGAt < 1:2074440/71‑1 (MQ=255) cctcTGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTGACGATATTGTCGCCGGGGTGAt < 1:3488890/66‑1 (MQ=255) ccGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCggg > 1:1943827/1‑64 (MQ=255) ccGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCgg > 1:2548833/1‑63 (MQ=255) ccGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGAACATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGAt > 1:2877369/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTGACGATATTGTCGCCGGGGTGAt < 1:3120539/69‑1 (MQ=255) cTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCggg < 1:1244088/61‑1 (MQ=255) cTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCg < 1:3676262/71‑1 (MQ=255) tGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTGACGATATTGTCg > 1:1456380/1‑55 (MQ=255) tGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTGACGATATTGTCGc > 1:992397/1‑56 (MQ=255) tGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTGACGATATTGTCGc > 1:3652166/1‑56 (MQ=255) tGGTTTGATCGCAATGTACATGGCGGCATGGGGATCATGATTAACGATATTGTCGc > 1:960356/1‑56 (MQ=255) tGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCa > 1:3384376/1‑71 (MQ=255) aTCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCCTGATCGACGATAtt < 1:3459997/44‑1 (MQ=255) aTCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATc < 1:1968557/71‑1 (MQ=255) aTGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCg < 1:2773662/57‑1 (MQ=255) aTGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCg < 1:2682461/57‑1 (MQ=255) tgCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATAtt > 1:3261602/1‑35 (MQ=255) tgCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATAtt > 1:1558567/1‑35 (MQ=255) | CCGGGTTTGTGATTTTCCGTATTCTGGATATGTGGAAGCCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATC > W3110S.gb/436156‑436286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |