| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 91.5% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 91.5% | 1253.2 / 76.9 | 461 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/16); new base T (182/239); total (205/256) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 462 total aligned reads displayed.
TGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70364‑70501 | aaTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATACCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc > 1:3823198/1‑71 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:1860494/71‑1 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:498620/71‑1 (MQ=255) tggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc < 1:478820/71‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:3757854/70‑1 (MQ=255) tgTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:300772/67‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg < 1:2467820/71‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa < 1:1691804/63‑1 (MQ=255) aTGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc > 1:2193059/1‑60 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg > 1:3363930/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg > 1:682646/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg < 1:1466550/71‑1 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:1825578/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:3246574/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:3489928/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:201280/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCgg > 1:1899518/1‑70 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCgg < 1:1203793/70‑1 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:3632805/1‑71 (MQ=255) 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aaaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc < 1:309714/71‑1 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:531257/1‑70 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc > 1:669961/1‑70 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:3798946/1‑71 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGCTTAATGCCCATCt < 1:8974/41‑1 (MQ=38) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:128557/40‑1 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAAc > 1:977441/1‑71 (MQ=255) tGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:84625/1‑53 (MQ=255) gATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 1:304396/1‑71 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg < 1:2690680/70‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2508812/71‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:1563220/1‑71 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGTATACTCGTTTAATGCCAATCTGGTGGCGTGTTTAACGcc < 1:812304/54‑1 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:3674409/71‑1 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:3171735/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:2878815/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc < 1:241351/71‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTTATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1444117/50‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCg < 1:175368/51‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:2953922/54‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:1093404/56‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:773343/49‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAg < 1:3531613/56‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:1243371/1‑71 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa > 1:1157837/1‑43 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:3271098/1‑70 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:3792253/1‑70 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:1718682/1‑70 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc < 1:1620980/69‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc < 1:2933233/69‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCg < 1:2099211/70‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:1921224/1‑71 (MQ=255) tgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1589331/40‑1 (MQ=255) tgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt > 1:1529557/1‑71 (MQ=255) gcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:456535/1‑71 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:1414016/71‑1 (MQ=255) cGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttt < 1:2673338/71‑1 (MQ=255) gggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttt > 1:726829/1‑71 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt > 1:373523/1‑71 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt > 1:2217695/1‑71 (MQ=255) gATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:3402431/71‑1 (MQ=255) gATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:2271222/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa < 1:276126/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |