| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 598,515 | C→T | 20.6% | P193P (CCC→CCT) | cusA → | copper/silver efflux system, membrane component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 598,515 | 0 | C | T | 20.6% | 74.0 / 14.5 | 39 | P193P (CCC→CCT) | cusA | copper/silver efflux system, membrane component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/17); new base T (3/5); total (16/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
CATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGG > W3110S.gb/598446‑598582 | cATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATcccc < 1:2371575/71‑1 (MQ=255) ccTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAgcg > 1:722619/1‑71 (MQ=255) ccTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAgcg > 1:3566737/1‑71 (MQ=255) ccTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAgcg > 1:1312753/1‑71 (MQ=255) aCGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGcc < 1:1338883/69‑1 (MQ=255) aCGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGcc < 1:3408104/69‑1 (MQ=255) aCGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTg > 1:307577/1‑71 (MQ=255) ttGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAGCGCCTg < 1:1094556/68‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAGCGCCTg < 1:3387212/68‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAGCGCCTg < 1:2452000/68‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAGCGCCTg < 1:1481321/68‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCTCAGCGCCTg < 1:1500327/68‑1 (MQ=255) gCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGgcgc < 1:2900097/70‑1 (MQ=255) gCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGgcg > 1:408761/1‑69 (MQ=255) cGGAAGTGGCGTCTGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAg < 1:1863802/71‑1 (MQ=255) cGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAg < 1:2148581/71‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGt < 1:1747445/71‑1 (MQ=255) gCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCAt < 1:2247116/71‑1 (MQ=255) gTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGtct < 1:3564344/71‑1 (MQ=255) ggCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCa > 1:1037119/1‑64 (MQ=255) tggtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:2493034/1‑49 (MQ=255) tggtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:1206774/1‑49 (MQ=255) ggtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCa < 1:1961896/45‑1 (MQ=255) ggtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCa < 1:1589248/53‑1 (MQ=255) gtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTaaa < 1:2284437/71‑1 (MQ=255) gtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTaa < 1:3572841/70‑1 (MQ=255) gtgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTaa > 1:174313/1‑70 (MQ=255) tgAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTaaaa < 1:2779090/71‑1 (MQ=255) gAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:880380/1‑45 (MQ=255) aaaGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTaaaaa < 1:3466843/70‑1 (MQ=255) agagTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:2805142/1‑42 (MQ=255) agagTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:2680833/1‑42 (MQ=255) agTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAgcgcg > 1:282527/1‑71 (MQ=255) tCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTa > 1:3703168/1‑36 (MQ=255) tCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTg < 1:2764803/70‑1 (MQ=255) gtggtTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGc > 1:1476622/1‑71 (MQ=255) gATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGaa > 1:2273824/1‑42 (MQ=255) aTCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGt < 1:1372063/43‑1 (MQ=255) aTCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGt < 1:1493904/43‑1 (MQ=255) aTCCACAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGt < 1:1563467/43‑1 (MQ=255) ccccAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAgg > 1:3328802/1‑70 (MQ=255) | CATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGG > W3110S.gb/598446‑598582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |