| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 811,900 | T→A | 11.4% | A366A (GCT→GCA) | bioF → | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 811,900 | 0 | T | A | 11.4% | 84.4 / 4.8 | 35 | A366A (GCT→GCA) | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/17); new base A (2/2); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
ACGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGCCA > W3110S.gb/811838‑811968 | aCGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATg > 1:194829/1‑70 (MQ=255)aCGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGa < 1:2447412/71‑1 (MQ=255)aCGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGa < 1:967360/71‑1 (MQ=255)aCGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCAGCGCATg > 1:154001/1‑70 (MQ=255)aCGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCAGCGCATg > 1:1708013/1‑70 (MQ=255) tCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAg > 1:1798409/1‑70 (MQ=255) tCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAg > 1:1906315/1‑70 (MQ=255) tCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAg > 1:2981535/1‑70 (MQ=255) cgcccgccAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAgg < 1:3086069/70‑1 (MQ=255) ccGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATc < 1:1634276/59‑1 (MQ=255) cGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTgg < 1:3057445/71‑1 (MQ=255) cGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCAGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTgg < 1:1335009/71‑1 (MQ=255) cGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCAGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTgg < 1:3769349/71‑1 (MQ=255) ggTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAg > 1:1176075/1‑69 (MQ=255) gTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGtg > 1:1053474/1‑71 (MQ=255) aCTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGtgct > 1:1135658/1‑71 (MQ=255) cTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTc < 1:1714592/57‑1 (MQ=255) cTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGtgctg < 1:2201644/71‑1 (MQ=255) gcgcGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCa > 1:3132665/1‑71 (MQ=255) gcgACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGtgctg < 1:3350433/67‑1 (MQ=255) gACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATgg > 1:2251578/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGa < 1:3128729/55‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGa < 1:120957/55‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAAc > 1:3835899/1‑71 (MQ=255) cgcTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCaa > 1:3315162/1‑68 (MQ=255) cgcTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGGCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACg < 1:2978160/70‑1 (MQ=255) gcTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGt < 1:2915344/71‑1 (MQ=255) aaCGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTtaa > 1:2400396/1‑70 (MQ=255) aCGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTtaat < 1:3497390/70‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGa > 1:3372576/1‑40 (MQ=255) ccGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATaaa > 1:3061919/1‑66 (MQ=255) ccGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGc < 1:300061/71‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGc < 1:3037705/71‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGc < 1:1566270/71‑1 (MQ=255) gCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGCCa < 1:1777290/71‑1 (MQ=255) | ACGGCGATTCGCCCGCCAACCGTACCCGCTGGTACTGCGCGACTGCGCTTAACGCTAACCGCTGCGCATGAAATGCAGGATATCGACCGTCTGCTGGAGGTGCTGCATGGCAACGGTTAATAAACAAGCCA > W3110S.gb/811838‑811968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |