| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 944,111 | T→C | 14.5% | V92V (GTT→GTC) | dmsB → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 944,111 | 0 | T | C | 14.5% | 151.1 / 16.1 | 62 | V92V (GTT→GTC) | dmsB | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/29); new base C (5/4); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
CTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCA > W3110S.gb/944042‑944179 | cTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:332089/71‑1 (MQ=255)cTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTCTCCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:2055592/71‑1 (MQ=255) aTCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:2152288/63‑1 (MQ=255) aTCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgtt < 1:2837561/62‑1 (MQ=255) tCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGa > 1:2774955/1‑69 (MQ=255) tCCGGCTTGTACTAAAGTCTG‑CCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGa < 1:3206272/71‑1 (MQ=255) ccGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:2191147/1‑70 (MQ=255) ccGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:2640380/1‑70 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:2734759/71‑1 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:2262587/71‑1 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:1849787/71‑1 (MQ=255) gCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGa < 1:3178161/71‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttt < 1:3537799/53‑2 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:1369420/53‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:3068187/53‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:51909/53‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:2738129/53‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAtgtgt < 1:3384957/71‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAtgtgt < 1:2885780/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGa > 1:143366/1‑64 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:1655112/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:3660828/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:303411/71‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCTATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2860338/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2183527/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2052248/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1899140/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:3690276/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:775399/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2167533/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:1799326/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAACATGTGTGCAtt > 1:1543131/1‑71 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3806056/71‑1 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3567171/71‑1 (MQ=255) tCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTttgttg < 1:644086/45‑1 (MQ=255) cccGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCt < 1:2715880/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:2060763/1‑65 (MQ=18) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:3563770/1‑65 (MQ=18) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:1452719/1‑40 (MQ=255) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2173544/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2690657/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2250799/1‑71 (MQ=17) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1141521/1‑53 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:3597288/70‑1 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:1846706/70‑1 (MQ=255) aTGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCatat < 1:1233253/71‑1 (MQ=255) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg < 1:2284950/36‑1 (MQ=255) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:3324783/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1145150/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1732587/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:2227992/57‑3 (MQ=17) aTAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCt > 1:560840/1‑71 (MQ=255) tAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa < 1:1521341/44‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAt > 1:1907226/1‑35 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:3841856/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:1137680/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:2283934/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTAc > 1:866267/1‑56 (MQ=255) aaGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:2432478/1‑36 (MQ=255) aaGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:3650952/1‑36 (MQ=255) gATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATgg > 1:3249584/1‑71 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa > 1:1475356/1‑50 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:3015770/1‑70 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:1237220/1‑70 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:1315829/1‑70 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1873088/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1302892/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:2288663/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:66243/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1000568/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:2056131/62‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:3560681/62‑1 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1499577/1‑67 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1876394/1‑67 (MQ=255) ttgtGGTCTATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:399976/70‑1 (MQ=255) | CTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCA > W3110S.gb/944042‑944179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |