| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 944,114 | G→T | 14.2% | V93V (GTG→GTT) | dmsB → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 944,114 | 0 | G | T | 14.2% | 181.7 / 11.1 | 63 | V93V (GTG→GTT) | dmsB | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/30); new base T (5/4); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATAT > W3110S.gb/944051‑944183 | tCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGa > 1:2774955/1‑69 (MQ=255)tCCGGCTTGTACTAAAGTCTG‑CCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGa < 1:3206272/71‑1 (MQ=255) ccGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:2640380/1‑70 (MQ=255) ccGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:2191147/1‑70 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:1849787/71‑1 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:2734759/71‑1 (MQ=255) cGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGaa < 1:2262587/71‑1 (MQ=255) gCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGa < 1:3178161/71‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAtgtgt < 1:2885780/71‑1 (MQ=255) tACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAtgtgt < 1:3384957/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGa > 1:143366/1‑64 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:303411/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:1655112/71‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:3660828/71‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCTATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2860338/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2183527/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:3690276/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2052248/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1899140/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2167533/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:775399/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:1799326/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAACATGTGTGCAtt > 1:1543131/1‑71 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3567171/71‑1 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3806056/71‑1 (MQ=255) cccGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCt < 1:2715880/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:3563770/1‑65 (MQ=18) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:2060763/1‑65 (MQ=18) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg > 1:1452719/1‑40 (MQ=255) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2690657/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2173544/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2250799/1‑71 (MQ=17) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1141521/1‑53 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:3597288/70‑1 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:1846706/70‑1 (MQ=255) aTGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCatat < 1:1233253/71‑1 (MQ=255) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATg < 1:2284950/36‑1 (MQ=255) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:2227992/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:3324783/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1732587/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1145150/57‑3 (MQ=17) aTAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCt > 1:560840/1‑71 (MQ=255) tAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa < 1:1521341/44‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGAt > 1:1907226/1‑35 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:2283934/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:3841856/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:1137680/1‑42 (MQ=255) aaCGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTAc > 1:866267/1‑56 (MQ=255) aaGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:2432478/1‑36 (MQ=255) aaGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCa > 1:3650952/1‑36 (MQ=255) gATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATgg > 1:3249584/1‑71 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa > 1:1475356/1‑50 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:3015770/1‑70 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:1237220/1‑70 (MQ=255) ggTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGgcg > 1:1315829/1‑70 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1000568/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:66243/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1302892/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1873088/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:2288663/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:3560681/62‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:2056131/62‑1 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1499577/1‑67 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1876394/1‑67 (MQ=255) ttgtGGTCTATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:399976/70‑1 (MQ=255) tgGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:2630931/67‑1 (MQ=255) tgGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat < 1:3653662/71‑1 (MQ=255) ggTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat > 1:1997003/1‑70 (MQ=255) ggTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat > 1:1106900/1‑70 (MQ=255) | TCCGGCTTGTACTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATAT > W3110S.gb/944051‑944183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |