| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 944,132 | C→T | 17.4% | C99C (TGC→TGT) | dmsB → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 944,132 | 0 | C | T | 17.4% | 150.9 / 20.8 | 63 | C99C (TGC→TGT) | dmsB | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/30); new base T (7/4); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
CTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGCCAT > W3110S.gb/944062‑944201 | cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:3660828/71‑1 (MQ=255)cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:1655112/71‑1 (MQ=255)cTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGc < 1:303411/71‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCTATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2860338/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2183527/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1899140/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:3690276/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:2052248/1‑71 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:775399/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:1799326/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAt < 1:2167533/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAACATGTGTGCAtt > 1:1543131/1‑71 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3567171/71‑1 (MQ=255) aGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTg < 1:3806056/71‑1 (MQ=255) cccGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCt < 1:2715880/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:2060763/1‑65 (MQ=18) aGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc > 1:3563770/1‑65 (MQ=18) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2250799/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2173544/1‑71 (MQ=17) gCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCa > 1:2690657/1‑71 (MQ=17) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCAtt > 1:1141521/1‑53 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:3597288/70‑1 (MQ=255) cGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCa < 1:1846706/70‑1 (MQ=255) aTGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCatat < 1:1233253/71‑1 (MQ=255) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1732587/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:3324783/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:1145150/57‑3 (MQ=17) tGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTCGTTGTCGATGAAGATGTGTGTATTGGCTgtc < 1:2227992/57‑3 (MQ=17) aTAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCt > 1:560840/1‑71 (MQ=255) 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1:66243/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:2288663/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1302892/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1873088/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCt < 1:1000568/41‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:3560681/62‑1 (MQ=255) ttttGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGt < 1:2056131/62‑1 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1499577/1‑67 (MQ=255) ttgtcgttgtcgATGAAGATGTGTGTATTGGCTGTCGTTACTGCCATATTGCCTGCCCGTATGgcgc > 1:1876394/1‑67 (MQ=255) ttgtGGTCTATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:399976/70‑1 (MQ=255) tgGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:2630931/67‑1 (MQ=255) tgGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat < 1:3653662/71‑1 (MQ=255) ggTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat > 1:1106900/1‑70 (MQ=255) ggTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAatat > 1:1997003/1‑70 (MQ=255) tCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:220425/64‑1 (MQ=255) tCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCa < 1:2402708/64‑1 (MQ=255) gATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATaacga < 1:3448731/71‑1 (MQ=255) gATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATaacga < 1:3091649/71‑1 (MQ=255) aaGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCa > 1:1356002/1‑53 (MQ=255) aaGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATaacgaaacg < 1:1919706/71‑1 (MQ=255) aGATTTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATaacgaaacga < 1:3373417/71‑1 (MQ=255) aGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATaacgaaacga < 1:816840/71‑1 (MQ=255) gATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAacgaaacgaa < 1:313914/71‑1 (MQ=255) tgtgCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGc < 1:2666005/71‑1 (MQ=255) gCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGCCa > 1:2871503/1‑70 (MQ=255) cATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGCCat < 1:1869467/70‑1 (MQ=255) cATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGCCat < 1:2918476/70‑1 (MQ=255) | CTAAAGTCTGCCCGAGCGGTGCGATGCATAAACGTGAAGATGGTTTTGTTGTGGTCGATGAAGATGTGTGCATTGGCTGCCGCTACTGCCATATGGCTTGCCCGTATGGCGCACCGCAATATAACGAAACGAAAGGCCAT > W3110S.gb/944062‑944201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |