| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,054,525 | T→G | 11.9% | L692L (CTA→CTC) | torS ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,054,525 | 0 | T | G | 11.9% | 82.9 / 9.0 | 42 | L692L (CTA→CTC) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/14); new base G (3/2); total (26/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
GGCATTGCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGATTGACTGTTTTTGG > W3110S.gb/1054459‑1054593 | ggCATTTCCTACTGCAACGACCTGCGCACCACTGGTGTTCAGCATTTCGACAGTAATTCGCTGGGTGAGCg < 1:2719829/71‑1 (MQ=255)ggCATTGCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCg > 1:1082230/1‑71 (MQ=255) gCATTTCCTACTGCAACGACCTGCGCACCACTGGTGTTCAGCATTTCGACAGTAATTCGCTGGGTGAGCg < 1:881321/70‑1 (MQ=255) ttGCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGtt < 1:1976549/63‑1 (MQ=255) gCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGtt > 1:1570003/1‑61 (MQ=255) gCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTAt > 1:3240171/1‑71 (MQ=255) ccAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTAt < 1:2519642/70‑1 (MQ=255) aCAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTc < 1:648896/71‑1 (MQ=255) aCAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTc < 1:709389/71‑1 (MQ=255) aGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCggg > 1:2159031/1‑61 (MQ=255) aGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCg > 1:177336/1‑59 (MQ=255) aGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCaa < 1:3544955/71‑1 (MQ=255) caaTCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTaa > 1:2775949/1‑70 (MQ=255) aTCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAg > 1:3088468/1‑71 (MQ=255) aTCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAg > 1:1045535/1‑71 (MQ=255) tGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTc > 1:1719659/1‑59 (MQ=255) tGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCaa > 1:518834/1‑61 (MQ=255) cgcACCACTTGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCa < 1:3618850/68‑1 (MQ=255) cgcACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAAc > 1:1415572/1‑71 (MQ=255) cacTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTaaa < 1:2259433/71‑1 (MQ=255) acTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAAc > 1:1833467/1‑71 (MQ=255) acTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAAc > 1:2092485/1‑71 (MQ=255) ggTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTa > 1:3299517/1‑35 (MQ=255) ggTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTa > 1:258008/1‑35 (MQ=255) ggTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGt > 1:178637/1‑71 (MQ=255) gTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGt > 1:1138272/1‑70 (MQ=255) gTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTc < 1:2007135/71‑1 (MQ=255) aGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACg > 1:3843878/1‑71 (MQ=255) tctcAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAAtt < 1:3447605/41‑1 (MQ=255) tcAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTc < 1:1085950/35‑1 (MQ=255) aaTGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCt < 1:891731/71‑1 (MQ=255) agTAATTCGCTGGGTGAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGCAAATCGTCCAGACGTAcc > 1:2520325/2‑64 (MQ=37) agTAATTCGCTGGGTGAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGCAAATCGTCCAGACGTAcc > 1:3107605/2‑64 (MQ=37) gTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGAtt < 1:320623/71‑1 (MQ=255) aaTTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGATTGa > 1:606813/1‑71 (MQ=255) ttCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGAtt < 1:1277461/67‑1 (MQ=255) ttCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGAtt < 1:3020801/67‑1 (MQ=255) cGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCaa > 1:2141972/1‑49 (MQ=255) cGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGa > 1:3717303/1‑51 (MQ=255) cGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGa > 1:1983795/1‑51 (MQ=255) cGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGa > 1:1549802/1‑51 (MQ=255) cGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCAc > 1:1300568/1‑56 (MQ=255) cttggTGAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGCAAATCGTCCAGACGTACCGCCTGATTGACTGttt > 1:476479/4‑71 (MQ=255) gTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGATTGACTGTTTTTgg < 1:2110032/71‑1 (MQ=255) ttAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTc < 1:1628784/40‑1 (MQ=255) ttAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTc < 1:133896/40‑1 (MQ=255) | GGCATTGCCAACAGCAACAATCTGCGCACCACTGGTTTTCAGCATCTCAATGGTAATTCGCTGGGTTAGCGGGTTATCTTCAATTAACAGCAAACGTAAACCGTCAAGACGCACCGCCTGATTGACTGTTTTTGG > W3110S.gb/1054459‑1054593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |