| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,180,007 | C→T | 12.0% | L371L (CTG→TTG) | lolE → | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,180,007 | 0 | C | T | 12.0% | 151.1 / 10.0 | 58 | L371L (CTG→TTG) | lolE | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/16); new base T (2/5); total (37/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
TATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGG > W3110S.gb/1179940‑1180076 | tattGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGc > 1:2614801/1‑71 (MQ=255)tattGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGc > 1:1399970/1‑71 (MQ=255) attGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGc < 1:2549534/70‑1 (MQ=255) attGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGc > 1:2120215/1‑70 (MQ=255) ggATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:1765300/1‑71 (MQ=255) ttGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGGGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTg < 1:579339/71‑1 (MQ=255) aaaGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCAct > 1:2366105/1‑71 (MQ=255) ttGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCgg < 1:1368625/58‑1 (MQ=255) gATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTg > 1:3315843/1‑49 (MQ=255) gATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCActggctg > 1:2112716/1‑70 (MQ=255) tcatcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCAatggctgg < 1:3766986/65‑1 (MQ=255) tcatcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtct > 1:1770283/1‑71 (MQ=255) tcatcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtct > 1:1685502/1‑71 (MQ=255) atgaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc > 1:740760/4‑71 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCActggc > 1:2191472/1‑60 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc > 1:2823371/1‑71 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc > 1:2811975/1‑71 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc > 1:3745098/1‑71 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:1974488/71‑1 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:1983618/71‑1 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:3315942/71‑1 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:2397375/71‑1 (MQ=255) atcaGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:2610725/71‑1 (MQ=255) caGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:554669/1‑48 (MQ=255) caGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:3830404/1‑48 (MQ=255) aGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:601981/1‑47 (MQ=255) aGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:319719/1‑47 (MQ=255) aGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGaa > 1:3025475/1‑47 (MQ=255) aGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCCGCCATCGGaa > 1:3746125/1‑47 (MQ=255) gTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACg < 1:2515343/71‑1 (MQ=255) 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1:2106581/1‑37 (MQ=255) cAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTa > 1:1722639/1‑64 (MQ=255) aGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTcac < 1:345063/71‑1 (MQ=255) aGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTcac < 1:936204/71‑1 (MQ=255) gCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCa > 1:2589978/1‑40 (MQ=37) gCGATATCTATTTTATTGACTTCTTGCCATCGGAATTGCa > 1:608689/1‑40 (MQ=37) cGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATAGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTaag < 1:186727/59‑3 (MQ=255) tatCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCAt < 1:1258762/71‑1 (MQ=255) tCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTAc > 1:481371/1‑53 (MQ=255) tCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACg < 1:3061476/54‑1 (MQ=255) tCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACg < 1:2205723/54‑1 (MQ=255) ttGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGtcttc < 1:1295989/41‑1 (MQ=255) tGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCa > 1:3122599/1‑58 (MQ=255) tGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCa > 1:2373375/1‑58 (MQ=255) aTTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCt < 1:940211/70‑1 (MQ=255) tttCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCttt > 1:2139018/1‑71 (MQ=255) tCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCtttt > 1:3750403/1‑70 (MQ=255) tCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTg > 1:215773/1‑71 (MQ=255) ccTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTgg > 1:2303785/1‑71 (MQ=255) ccTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTgg > 1:1108760/1‑71 (MQ=255) | TATTGAGTGGATTGAAAAGTTGATCGGTCATCAGTTCCTCTCCAGCGATATCTATTTTATTGATTTCCTGCCATCGGAATTGCACTGGCTGGACGTCTTCTACGTACTGGTCACAGCATTGTTGCTGAGTCTTTTGG > W3110S.gb/1179940‑1180076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |