| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 54 (1.460) | 21/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566064‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < W3110S.gb/576913‑576847 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:2082091/68‑1GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:3243061/68‑1 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:2983481/1‑68 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:860447/1‑68 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:192409/1‑68 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:1876732/1‑68 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:2388831/1‑68 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:2667929/1‑69 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:110680/69‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:133558/69‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:3583949/69‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:2966256/69‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:2411373/67‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:3082696/65‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:1803651/65‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:942236/65‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACCCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:1049310/65‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGTGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:3498787/68‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:3675727/1‑62 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:1785414/1‑62 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:1282054/1‑62 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTG > 1:2234653/1‑68 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:392673/1‑69 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2113541/69‑1 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3063896/69‑1 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:90015/1‑61 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTG > 1:607104/1‑68 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGGTCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:2637414/68‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:334924/68‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:2921460/68‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:3394569/68‑1 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:3308512/68‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:2428860/1‑69 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:894554/1‑69 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:2217653/1‑69 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:178106/1‑54 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:3462097/1‑54 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCC > 1:335712/1‑69 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCC > 1:2213433/1‑69 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCA > 1:406603/1‑68 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCA > 1:420672/1‑68 GTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGC < 1:1138843/69‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:976887/69‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCA > 1:387869/1‑69 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:2358713/1‑43 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2488627/41‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC > 1:2051531/1‑41 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:2981747/67‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:3143371/67‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:882157/67‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:873104/58‑1 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:932846/58‑1 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:2807979/1‑69 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:1952458/1‑69 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC > 1:1698148/1‑69 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:1605915/56‑1 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC < 1:1963724/67‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC > 1:2869115/1‑49 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC > 1:3415119/1‑49 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC > 1:1141209/1‑49 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC > 1:718969/1‑49 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCCCCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT > 1:1071490/1‑68 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTA > 1:3345049/1‑69 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT > 1:1051132/1‑68 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT > 1:1119261/1‑68 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT > 1:1405771/1‑68 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:692594/68‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTA > 1:854209/1‑68 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:195960/69‑1 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:2304282/68‑1 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:2422332/68‑1 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566064‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < W3110S.gb/576913‑576847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |