| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 2 (0.050) | 52 (1.400) | 21/100 | NT | 96.3% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAG > W3110S.gb/3748731‑3748863 | gtgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:228366/1‑69 (MQ=255) gtgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:14596/1‑69 (MQ=255) gtgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:437496/1‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:632739/1‑67 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:100218/1‑67 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:935012/1‑67 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:444019/1‑67 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGACGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:1095876/1‑67 (MQ=255) cGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:888861/68‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa > 1:1728836‑M1/60‑69 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2988982‑M2/1‑66 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1043611‑M2/1‑66 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtg < 1:1020647‑M2/69‑5 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg < 1:751077‑M2/67‑3 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:1327990‑M2/1‑64 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:3136584‑M2/1‑64 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:308092‑M2/1‑64 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3174529‑M2/67‑4 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataac > 1:1898900‑M1/55‑62 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataac > 1:111856‑M1/55‑62 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:2171787‑M2/1‑63 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:196406‑M1/52‑69 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:3567407‑M1/47‑69 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:2527449‑M1/47‑69 (MQ=255) gATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:3705352‑M2/1‑53 (MQ=255) ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:1872046‑M1/44‑69 (MQ=255) ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc < 1:78950‑M1/26‑1 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:1374618‑M1/43‑69 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:2697310‑M1/5‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat > 1:3646894‑M1/42‑46 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:1520539‑M1/5‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:686748‑M1/5‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:1833250‑M1/42‑43 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:3215978‑M1/27‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:2000116‑M1/42‑68 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:2905888‑M1/27‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:947215‑M1/42‑68 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat > 1:2043808‑M1/41‑45 (MQ=255) gtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:2446766‑M2/1‑47 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:338121/44‑1 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt < 1:2179621‑M2/69‑26 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1005637‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta > 1:3597425‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta > 1:821738‑M2/1‑44 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2689149‑M2/1‑44 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:2451219‑M1/20‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:2583683‑M1/20‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:135261‑M1/20‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGa < 1:3645385‑M1/19‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:913520‑M1/38‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaacCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:644802‑M1/38‑1 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:2693442‑M1/29‑68 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1371153‑M1/29‑68 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:1211771‑M1/29‑69 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:1621372‑M1/29‑69 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa < 1:2293099‑M1/41‑1 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg < 1:422838‑M1/25‑1 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:2248423‑M2/69‑36 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:2139474‑M2/69‑36 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:3096384‑M1/25‑69 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:3306755‑M1/25‑69 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3599227‑M2/35‑4 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt < 1:1977272‑M1/43‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:1900522‑M1/44‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:2596564‑M1/44‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:216898‑M1/44‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa < 1:1923305‑M1/47‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa < 1:2251109‑M1/47‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa < 1:1175491‑M1/47‑1 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:927487‑M2/1‑31 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:3318536‑M2/69‑41 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 1:3089886‑M2/1‑29 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:3636923‑M1/21‑52 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:614489‑M1/40‑1 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:3653060‑M1/21‑65 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg > 1:1543819‑M2/1‑28 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:2709267‑M2/67‑43 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:1686292‑M2/67‑43 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:1783568‑M2/67‑43 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:3398366‑M2/67‑43 (MQ=255) tAATTTAAATATGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:733480‑M2/67‑43 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2406249‑M1/17‑69 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:540296‑M1/17‑69 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2487855‑M1/17‑69 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAATCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:2425077‑M1/15‑68 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:9490‑M2/1‑21 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:634973‑M2/1‑21 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:472330‑M2/69‑50 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:3224105‑M2/69‑50 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:1507224‑M2/65‑46 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:1918010‑M2/65‑46 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:3373327‑M2/1‑20 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc > 1:2598814‑M2/1‑17 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:3604877‑M2/1‑15 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt < 1:75437‑M1/43‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:1489430‑M1/4‑60 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAg < 1:785355‑M1/65‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAg < 1:1215892‑M1/65‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAg < 1:2708289‑M1/65‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAg < 1:1039075‑M1/65‑1 (MQ=255) | GGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAG > W3110S.gb/3748731‑3748863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |