| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,682,586 | A→G | 63.7% | Q439R (CAG→CGG) | ydgI → | predicted arginine/ornithine antiporter transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,682,586 | 0 | A | G | 63.7% | 53.4 / 57.4 | 58 | Q439R (CAG→CGG) | ydgI | predicted arginine/ornithine antiporter transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/9); new base G (28/8); total (40/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GGGGCTGCTGGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATA > W3110S.gb/1682524‑1682652 | ggggCTGCTGGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAAt < 1:3659612/69‑1 (MQ=255)ggggCTGCTGGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAAt < 1:1806359/69‑1 (MQ=255)ggggCTGCTGGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAAt < 1:2168527/69‑1 (MQ=255) ctgGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTg > 1:1787491/1‑69 (MQ=255) tGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATg < 1:616644/68‑1 (MQ=255) tACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCAGGaa > 1:2857629/1‑48 (MQ=255) tACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCAGGaa > 1:1103971/1‑48 (MQ=255) cgcgcgCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:10068/1‑69 (MQ=255) cgcgcgCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:583710/1‑69 (MQ=255) cgcgcgCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGt > 1:1871225/1‑68 (MQ=255) cgcgcAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTa < 1:1829597/68‑1 (MQ=255) cgcgcAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTa < 1:1141090/68‑1 (MQ=255) aCGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATg > 1:3320502/1‑54 (MQ=255) aCGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCa > 1:203034/1‑69 (MQ=255) cGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAg > 1:1370173/1‑69 (MQ=255) tACCCATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTcc < 1:2843289/69‑1 (MQ=255) cccATGTTAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:480194/1‑37 (MQ=38) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:3282159/1‑37 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:1962761/1‑37 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:1704549/1‑37 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:1158669/1‑37 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCt > 1:2278767/1‑37 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTTGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTcc > 1:3271998/1‑67 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:2056209/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:2282066/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:2340305/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:1752384/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:433817/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCg > 1:654102/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTAAGTTCCg > 1:1031000/1‑68 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt < 1:1461925/37‑1 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt < 1:2213813/37‑1 (MQ=255) cccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt < 1:2264832/37‑1 (MQ=255) ccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGc > 1:3669513/1‑69 (MQ=255) ccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGc > 1:102605/1‑69 (MQ=255) ccATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGc > 1:1090917/1‑69 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTa > 1:2433416/1‑51 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt > 1:1624048/1‑35 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt > 1:1514148/1‑35 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCt > 1:3544509/1‑35 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGc < 1:1856072/68‑1 (MQ=255) cATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGAGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGc < 1:1403067/68‑1 (MQ=255) tGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGAc > 1:507806/1‑69 (MQ=255) tGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGAc > 1:1789764/1‑69 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:2476078/1‑46 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:71385/1‑46 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:1339529/1‑46 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGtt > 1:3690771/1‑46 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGAcc > 1:353489/1‑68 (MQ=255) aTAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGAcc > 1:2895822/1‑68 (MQ=255) aTGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATg < 1:2206168/38‑1 (MQ=255) tGTACTGAACCGTCTGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGc < 1:3495286/48‑1 (MQ=255) tGTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGc < 1:2632289/48‑1 (MQ=255) gTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATg > 1:3634670/1‑69 (MQ=255) gTACTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATg > 1:2806217/1‑69 (MQ=255) cTGAACCGTCGGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGc < 1:1337105/44‑1 (MQ=255) gTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGAt < 1:826682/69‑1 (MQ=255) cAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATa < 1:1118490/68‑1 (MQ=255) aGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCtg > 1:3520995/1‑59 (MQ=255) aGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCtg < 1:1414145/59‑1 (MQ=255) aGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCtg < 1:2903586/59‑1 (MQ=255) aGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCtg > 1:1912640/1‑59 (MQ=255) aGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCtg > 1:616611/1‑59 (MQ=255) | GGGGCTGCTGGTTTTCCTGTACGCGCGCAAAACGCATACCCATGATAATGTACTGAACCGTCAGGAAATGGTGCTGATTGGCATGCTGTTAATTGCCTCAGTTCCGGCGACCTGGATGCTGGTGGGATA > W3110S.gb/1682524‑1682652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |