| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,811,850 | G→A | 32.3% | intergenic (+88/‑75) | yniC → / → ydjM | predicted hydrolase/predicted inner membrane protein regulated by LexA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,811,850 | 0 | G | A | 32.3% | 80.7 / 52.8 | 62 | intergenic (+88/‑75) | yniC/ydjM | predicted hydrolase/predicted inner membrane protein regulated by LexA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/17); new base A (11/9); total (36/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
GCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTG > W3110S.gb/1811786‑1811915 | gCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTac < 1:1749628/69‑1 (MQ=255)gCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTac < 1:328122/69‑1 (MQ=255)gCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTac < 1:3439085/69‑1 (MQ=255) ggTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCTTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGt > 1:1923650/1‑68 (MQ=255) ggTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTc > 1:1715366/1‑69 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt < 1:3427366/59‑1 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt < 1:253774/59‑1 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:35234/1‑68 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTcacca > 1:2112553/1‑69 (MQ=255) ttATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt > 1:1256121/1‑54 (MQ=255) tATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACtt > 1:2682109/1‑69 (MQ=255) tATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACtt > 1:3586032/1‑69 (MQ=255) cTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCg > 1:1521324/1‑69 (MQ=255) cTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTac > 1:1536973/1‑53 (MQ=255) cTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTac > 1:387906/1‑53 (MQ=255) cTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTac > 1:1736416/1‑53 (MQ=255) cTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTac > 1:372956/1‑53 (MQ=255) tGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCg < 1:3633688/68‑1 (MQ=255) tGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCg < 1:2018673/68‑1 (MQ=255) tGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTCCg < 1:3191026/68‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTcac > 1:2410016/1‑53 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTcac > 1:1457882/1‑53 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTcac > 1:1224210/1‑53 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:587590/54‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:802214/54‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:954184/54‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:958506/54‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:1552121/54‑1 (MQ=255) gCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTcacc < 1:2113484/54‑1 (MQ=255) ttCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt > 1:2486345/1‑39 (MQ=255) tCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGtata > 1:2147404/1‑68 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCATTTTAAGAGAAagaga > 1:2666313/1‑36 (MQ=39) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt > 1:1232786/1‑37 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt > 1:3604430/1‑37 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGt < 1:3521411/37‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2691244/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa > 1:2067343/1‑69 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTCCATGCACTGTATaaa > 1:434279/1‑69 (MQ=255) aCTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaaa < 1:3518925/68‑1 (MQ=255) tGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCATCACTTCCGTGCACTGTATAAAAAt > 1:1448097/1‑68 (MQ=255) tGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAAt > 1:1803073/1‑68 (MQ=255) tGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAAt > 1:1291673/1‑68 (MQ=255) ggATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGt < 1:416526/37‑1 (MQ=255) ggATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:2021152/68‑1 (MQ=255) ttAATCGTCAATTTAAGATAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATAc > 1:1839285/1‑68 (MQ=255) ttAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATAc > 1:3474402/1‑68 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATcc > 1:2210567/1‑61 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATcc > 1:2545785/1‑61 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:2910959/63‑1 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:84235/63‑1 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta > 1:3280414/1‑63 (MQ=255) aaTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:2823677/63‑1 (MQ=255) aTCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTg > 1:2559666/1‑44 (MQ=255) gTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGt < 1:807510/69‑1 (MQ=255) cAATTTAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTcc > 1:3350237/1‑36 (MQ=255) aaTTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:809216/56‑1 (MQ=255) tttAAGAGAAAGAATTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGa < 1:241861/69‑1 (MQ=255) tAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACa > 1:1896950/1‑69 (MQ=255) tAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACa > 1:1498511/1‑69 (MQ=255) tAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACa > 1:3398175/1‑69 (MQ=255) agaaagaaTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGttt < 1:899604/69‑1 (MQ=255) agaAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGtt < 1:3567748/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTa > 1:3565724/1‑68 (MQ=255) aaaGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTa > 1:3532317/1‑68 (MQ=255) agagTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTg > 1:2073224/1‑69 (MQ=255) agagTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTg > 1:214404/1‑69 (MQ=255) | GCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGTATCGACAGTTTAGTG > W3110S.gb/1811786‑1811915 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |