| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,965,064 | G→A | 52.8% | I567I (ATC→ATT) | flhA ← | predicted flagellar export pore protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,965,064 | 0 | G | A | 52.8% | 1.4 / 76.7 | 53 | I567I (ATC→ATT) | flhA | predicted flagellar export pore protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/10); new base A (15/13); total (30/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACTTT > W3110S.gb/1965000‑1965123 | gctgGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATgg > 1:957341/1‑69 (MQ=255)gctgGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATgg > 1:1522366/1‑69 (MQ=255) ggTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTAGAATGGgcg > 1:171871/1‑68 (MQ=255) aTCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGt > 1:2723189/1‑69 (MQ=255) aTCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCACTTTGGATGGGCGCATGt > 1:99327/1‑69 (MQ=255) gCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTcc > 1:912324/1‑69 (MQ=255) gCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTcc > 1:1494432/1‑69 (MQ=255) gCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTcc > 1:46467/1‑69 (MQ=255) gCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTcc > 1:1946046/1‑69 (MQ=255) gTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGcc < 1:469354/68‑1 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGTCGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATg < 1:1069251/58‑1 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGc > 1:3028656/1‑68 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGc < 1:3610206/68‑1 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGc > 1:2281944/1‑68 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCg > 1:1509415/1‑69 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCg > 1:1295914/1‑69 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATg < 1:1111376/58‑1 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCg > 1:892257/1‑69 (MQ=255) cACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:655567/69‑1 (MQ=255) cACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:2395193/69‑1 (MQ=255) cgcgCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa < 1:1194902/69‑1 (MQ=255) cgcgCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa < 1:388352/69‑1 (MQ=255) gcgcACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAAt < 1:1692801/69‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGCTCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg > 1:3201324/1‑60 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:935602/60‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:3544848/60‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:311782/60‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:1297264/60‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg > 1:2986748/1‑60 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:1232600/60‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg > 1:266894/1‑60 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCg < 1:2172626/49‑1 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATcgcg > 1:133811/1‑69 (MQ=255) tAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGACAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATcgcg > 1:3361388/1‑69 (MQ=255) ttCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAAt > 1:475537/1‑69 (MQ=255) ttCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAAt > 1:335096/1‑69 (MQ=255) ttCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAAt > 1:2568220/1‑69 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa > 1:1479250/1‑48 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa > 1:3374540/1‑48 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa > 1:26977/1‑48 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTAGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATc < 1:3115061/68‑1 (MQ=255) tgtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCTAATCgg < 1:478823/68‑1 (MQ=255) tgtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCgg < 1:2496638/68‑1 (MQ=255) tgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc < 1:1343233/39‑1 (MQ=255) tgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc < 1:621726/39‑1 (MQ=255) ggATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:1956158/1‑69 (MQ=255) gATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:1025034/1‑68 (MQ=255) gATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt < 1:1655787/68‑1 (MQ=255) gATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:2823312/1‑68 (MQ=255) tCGCTTTTGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACttt < 1:3505126/68‑1 (MQ=255) tCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATcg > 1:269271/1‑54 (MQ=255) tCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACttt < 1:61588/68‑1 (MQ=255) tCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACttt > 1:3187543/1‑68 (MQ=255) | GCTGGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACTTT > W3110S.gb/1965000‑1965123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |