| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,198,825 | G→A | 80.4% | A398T (GCG→ACG) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,198,825 | 0 | G | A | 80.4% | 120.7 / 25.3 | 56 | A398T (GCG→ACG) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/4); new base A (33/12); total (40/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGT > W3110S.gb/2198759‑2198885 | gAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACg > 1:1873281/1‑69 (MQ=255) gATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGc > 1:366768/1‑69 (MQ=255) gATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGc > 1:3108334/1‑69 (MQ=255) ttCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCttt > 1:1616369/1‑69 (MQ=255) ttCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCttt > 1:377830/1‑69 (MQ=255) ttCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCtt > 1:2372205/1‑68 (MQ=255) tCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTa < 1:1458615/69‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATc < 1:1099835/68‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATc < 1:1369478/68‑1 (MQ=255) tgtgAATGCCGACATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCg < 1:775872/69‑1 (MQ=255) tgAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:3269585/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:3150751/69‑1 (MQ=255) aaTGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:1968507/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:2129005/1‑69 (MQ=255) aaTGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:2841772/69‑1 (MQ=255) aaTGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:1133892/1‑69 (MQ=255) gATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGActg < 1:870576/68‑3 (MQ=255) tatCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGt < 1:3262840/69‑1 (MQ=255) atCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:97115/1‑60 (MQ=255) atCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:1495239/1‑60 (MQ=255) atCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:213462/1‑58 (MQ=255) atCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTg > 1:273695/1‑69 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:1800542/1‑68 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:1274463/1‑68 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:742179/1‑68 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:327118/1‑68 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:2647915/57‑1 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:1379830/57‑1 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:1833790/57‑1 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt < 1:694486/57‑1 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:291911/1‑55 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:3404063/1‑55 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:694314/1‑55 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtt > 1:1706308/1‑55 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:1903805/1‑68 (MQ=255) gTTAACAAAGTGGTGAACCTGGCATCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCt > 1:1676009/1‑68 (MQ=255) tAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGc < 1:2575431/69‑1 (MQ=255) aaGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCg < 1:46142/69‑1 (MQ=255) aaGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCg < 1:2892700/69‑1 (MQ=255) aGTGGTTAACCTGGCCTCACGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGa < 1:3661474/69‑1 (MQ=255) gTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGt > 1:3128283/1‑45 (MQ=255) gTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGt > 1:2510271/1‑45 (MQ=255) gTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGAGt > 1:284393/1‑45 (MQ=38) tAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTgg > 1:2415618/1‑68 (MQ=255) tAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:843716/1‑43 (MQ=255) tAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:3387345/1‑43 (MQ=255) tAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGtttt > 1:2007434/1‑43 (MQ=255) tAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTgg > 1:934563/1‑68 (MQ=255) tAACCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTgg > 1:211772/1‑68 (MQ=255) aaCCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCt > 1:246158/1‑69 (MQ=255) aaCCTGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCt > 1:1840985/1‑69 (MQ=255) tGGCCTCCCGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGAcc > 1:2130424/1‑69 (MQ=255) gCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGAcc > 1:1669022/1‑67 (MQ=255) ccGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGt > 1:1702743/1‑68 (MQ=255) ccGTAATACGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGt > 1:184057/1‑68 (MQ=255) ccGTAATACGGGCGTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAg > 1:3468305/1‑67 (MQ=255) | GAAGATTTCGTTCAGCGTGTGAATGCCGATATCGTTAACAAAGTGGTTAACCTGGCCTCCCGTAATGCGGGCTTTATCAACAAGCGTTTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGT > W3110S.gb/2198759‑2198885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |