| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,802,461 | G→A | 25.0% | A102T (GCC→ACC) | nrdF → | ribonucleoside‑diphosphate reductase 2, beta subunit, ferritin‑like |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,802,461 | 0 | G | A | 25.0% | 96.0 / 30.3 | 52 | A102T (GCC→ACC) | nrdF | ribonucleoside‑diphosphate reductase 2, beta subunit, ferritin‑like |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/18); new base A (10/3); total (31/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCCTCATGAAGAAGCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATGCCGCCTACGCC > W3110S.gb/2802407‑2802526 | aCGCCTCATGAAGAAGCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAg < 1:3173137/68‑1 (MQ=255) aagaagCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGAtt > 1:3476317/1‑65 (MQ=255) gaagCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:10963/68‑1 (MQ=255) gaagCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:1974905/68‑1 (MQ=255) gaagCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:3578084/68‑1 (MQ=255) gaagCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:3680856/68‑1 (MQ=255) cGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGTAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGc < 1:208768/69‑1 (MQ=255) ggTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCt > 1:178775/1‑69 (MQ=255) ggTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGctct > 1:3329956/1‑46 (MQ=255) ggTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGctct > 1:937247/1‑46 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACa > 1:1152980/1‑46 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTa > 1:2130056/1‑66 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTAt > 1:1196593/1‑67 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTAt > 1:2651639/1‑67 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTAt > 1:2807462/1‑67 (MQ=255) ttatCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGAATTTCTCGACGCTAt > 1:2453392/1‑67 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCa > 1:642329/1‑69 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCa > 1:3440839/1‑69 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCa > 1:81441/1‑69 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCa > 1:1514011/1‑69 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:520349/57‑1 (MQ=255) atCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTtctc < 1:2434452/57‑1 (MQ=255) atCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:2399954/69‑1 (MQ=255) atCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:721069/69‑1 (MQ=255) aGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGa > 1:2848174/1‑68 (MQ=255) aGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGAt > 1:1002929/1‑69 (MQ=255) aGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCt > 1:3475750/1‑53 (MQ=255) aGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCt > 1:1022693/1‑53 (MQ=255) aGCTTTATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCt > 1:1810926/1‑53 (MQ=255) cTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGAtt > 1:1953676/1‑40 (MQ=255) cTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGAt > 1:3696324/1‑39 (MQ=255) tttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc < 1:432038/69‑1 (MQ=255) tttATGGAAGCGGTTCATACCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc < 1:1951071/69‑1 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc < 1:3413315/68‑1 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc > 1:3086590/1‑68 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc > 1:2209007/1‑68 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc < 1:1089421/68‑1 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc > 1:431697/1‑68 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc > 1:72671/1‑68 (MQ=255) ttATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTAGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTc > 1:1336664/1‑68 (MQ=255) tGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGAt < 1:903122/68‑1 (MQ=255) gAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaa > 1:312960/1‑56 (MQ=255) gAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATgcc > 1:996463/1‑69 (MQ=255) gAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATgc > 1:3403310/1‑68 (MQ=255) cGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGc < 1:479165/39‑1 (MQ=255) tCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATGCCGCCTACGc > 1:3554386/1‑69 (MQ=255) cATGGCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:399429/48‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:1811210/48‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:141347/48‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:3336988/48‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCaaa < 1:999173/48‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATGCCGCCTACGcc > 1:437302/1‑69 (MQ=255) | ACGCCTCATGAAGAAGCGGTATTATCGAATATCAGCTTTATGGAAGCGGTTCATGCCCGCTCTTACAGTTCGATTTTCTCGACGCTATGCCAGACCAAAGATGTCGATGCCGCCTACGCC > W3110S.gb/2802407‑2802526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |