| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,927,326 | G→A | 26.4% | V148M (GTG→ATG) | sdaC → | predicted serine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,927,326 | 0 | G | A | 26.4% | 155.8 / 59.9 | 87 | V148M (GTG→ATG) | sdaC | predicted serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/39); new base A (11/12); total (36/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
CTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCTGGTATT > W3110S.gb/2927262‑2927393 | cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTggg > 1:2018488/1‑69 (MQ=255)cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTggg > 1:2014989/1‑69 (MQ=255)cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTggg > 1:381560/1‑69 (MQ=255)cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTggg > 1:1559489/1‑69 (MQ=255)cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTggg > 1:3109645/1‑69 (MQ=255)cTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTCATCCTGATCGTggg > 1:1106332/1‑69 (MQ=255) cATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTat > 1:788933/1‑69 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatg < 1:2254021/68‑1 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatg < 1:2897081/68‑1 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatg > 1:1539220/1‑68 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatg < 1:1265966/68‑1 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatg < 1:87789/68‑1 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTCGGTatg < 1:5739/68‑1 (MQ=255) tGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTat < 1:2956988/67‑1 (MQ=255) tctcACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTatgatg > 1:3039604/1‑69 (MQ=255) tctcACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTatgatg > 1:377103/1‑69 (MQ=255) ctcACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTatgatg > 1:3611298/1‑68 (MQ=255) ctcACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTatgatg > 1:2323389/1‑68 (MQ=255) tATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCt < 1:2606315/68‑1 (MQ=255) tATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCt < 1:2475581/68‑1 (MQ=255) tATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCt < 1:2370775/68‑1 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatgat > 1:2324595/1‑50 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGCCCATCGTTCGCTTCg > 1:1539912/1‑67 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCAt < 1:1758599/56‑1 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCg > 1:914710/1‑67 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGt < 1:2562784/69‑1 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGt < 1:1993035/69‑1 (MQ=255) aCGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGt < 1:2199136/69‑1 (MQ=255) ccACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTg > 1:2753466/1‑67 (MQ=255) aCCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTg > 1:2619559/1‑65 (MQ=255) aCCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTg > 1:316896/1‑65 (MQ=255) aCCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTg > 1:3698607/1‑65 (MQ=255) aCCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTg > 1:2440072/1‑65 (MQ=255) gccgcGTGTGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:1593854/66‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGCTCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAgat > 1:1958683/1‑69 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTTGGTat < 1:57693/39‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTat < 1:535932/39‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGtt > 1:358410/1‑52 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:2979069/66‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa > 1:2476065/1‑66 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa > 1:2027744/1‑66 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:1539010/66‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:85520/66‑1 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAgat > 1:3430273/1‑69 (MQ=255) gccgcGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGagaaga > 1:743956/1‑68 (MQ=255) cgcgTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAgatga < 1:1826265/69‑1 (MQ=255) tGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCg > 1:3218517/1‑68 (MQ=255) cGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTatgatg < 1:1189738/35‑1 (MQ=255) cGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:2480507/59‑1 (MQ=255) cGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:2787267/59‑1 (MQ=255) cGATTCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:746485/59‑1 (MQ=255) tCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGc < 1:2071036/69‑1 (MQ=255) tCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGc < 1:2398714/43‑1 (MQ=255) tCTGTCGCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGc < 1:317536/43‑1 (MQ=255) cTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCg > 1:3518566/1‑69 (MQ=255) cTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCg > 1:675660/1‑69 (MQ=255) cTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTAGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCg > 1:2825044/1‑69 (MQ=255) gCTGATCCTTATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTa < 1:314433/59‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTa < 1:2336313/59‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTa < 1:3063881/59‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTa < 1:217278/59‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTa < 1:320306/59‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:409789/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:457659/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:1603059/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:3325815/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:2952403/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:2473933/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:3047524/69‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg < 1:486811/69‑1 (MQ=255) tgatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTa < 1:1848867/69‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:1557283/45‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:2372465/45‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:2309929/45‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCa < 1:225199/45‑1 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTAt > 1:1055174/1‑69 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTAt > 1:3420445/1‑69 (MQ=255) gatcctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTACGCTTCGGTGAGCa < 1:188510/45‑1 (MQ=255) cctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCt < 1:1385624/69‑1 (MQ=255) cctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGAAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCt < 1:2086247/69‑1 (MQ=255) cctgatcATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:1247904/43‑1 (MQ=255) cctgatcATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:3082926/43‑1 (MQ=255) cctgatcATGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAg < 1:2120966/43‑1 (MQ=255) ctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg > 1:1501156/1‑62 (MQ=255) ctgatcGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAg > 1:1162953/1‑62 (MQ=255) cGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCTGGTAtt > 1:1270005/1‑69 (MQ=255) cGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCTGGTAtt > 1:779869/1‑69 (MQ=255) | CTTCATGTCTCACCAGCTGGGTATGACGCCACCGCCGCGTGCGATTCTGTCGCTGATCCTGATCGTGGGTATGATGACCATCGTTCGCTTCGGTGAGCAGATGATCGTTAAAGCGATGAGTATTCTGGTATT > W3110S.gb/2927262‑2927393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |